Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTACAATCTTCTTGCAAAGGAAACTACTACGATGCTTACTCTTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGGtgagacatattcatagagaacaacaagatggcagcatgaatgggtttctttttttttttcttctcattattattattatgaataataaaactaattaacaatactgtctctttgttgggtacatgatcatcattgctatgctatcagg

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47820.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22524186|gb|BU082997.1|BU082997
EST:     AAAAAGTTGATAGGG                         CCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
genomic: AAAAAGTTGATAGGGtgagacatat ... tgctatcaggCCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
EST: gi|9258291|gb|BE346438.1|BE346438
EST:     TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGG                         CCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
genomic: TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGGtgagacatat ... tgctatcaggCCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
EST: gi|23728081|gb|BU762085.1|BU762085
EST:     GACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGG                         CCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
genomic: GACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGGtgagacatat ... tgctatcaggCCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
EST: gi|9259723|gb|BE347870.1|BE347870
EST:     TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGG                         CCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
genomic: TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGGtgagacatat ... tgctatcaggCCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
EST: gi|11411513|gb|BF423524.1|BF423524
EST:     TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGG                         CCATTGATGGGCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC
genomic: TTTGGACGAAAATGATGTGTGTTACAAGACCATTGAAAAAGTTGATAGGGtgagacatat ... tgctatcaggCCATTGATGGCCTTAACGTGTACAACATACTAGAGCCATGCTACCATTTCC