Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctatgttgtgtcttgatctctataactaagcacaaatagaatagctatgccttttgttcggataggttcagatcgttagggtgtttttattattttatttattgtaaaatcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGATGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G36870.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G36870.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G046804_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatgctatgttgtgtcttgatctctataactaagcacaaatagaatagctatgccttttgttcgga--taggttcagatcgttagggtgtttttattattttatttattgtaaa-atcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGATGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA
                                                    || | |   |   |   | | ||||| ||   || |  |||| |  | |   | |  |||    ||| | | |||  ||||             |   ||  |||||| |||||||| || |||||||  || ||||| |||||||||||   |||  ||||  | |||||    |||||||||||||||||||||||||| ||||
---------------------------------------------------gtgtcgtcgatctagcgcttgcttcagttc-cgagcgaattttga--aatccgtgtgctgtgctcatcgtggttct--ttgtgctccccaccccatcttcc--gtagACCTACATGTTCAAGTACGACACCGTCCACGGCCACTGGAAGCACAGCGACATCACACTCAAGGACTCCAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCGGTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16284095|gb|BI945903.1|BI945903
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|15589892|gb|BI674508.1|BI674508
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193353199|gb|FK318449.1|FK318449
EST:     GTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCATCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: GTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|207838172|gb|GD812928.1|GD812928
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|208195728|gb|GD991279.1|GD991279
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|12772785|gb|BG237712.1|BG237712
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGGGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|24206084|gb|BU965337.1|BU965337
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193637647|gb|FK583522.1|FK583522
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16277611|gb|BI942471.1|BI942471
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193327303|gb|FK295886.1|FK295886
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGACCCTTTCATCACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCATGGACACTGGAAGCTATCACGA
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGC-ATCACGA
EST: gi|213599959|gb|DB966461.1|DB966461
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|208061550|gb|GD859264.1|GD859264
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|23063932|gb|BU578705.1|BU578705
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16279128|gb|BI943272.1|BI943272
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|22525091|gb|BU083902.1|BU083902
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|15589619|gb|BI674235.1|BI674235
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|14990188|gb|BI315861.1|BI315861
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|213608195|gb|DB963055.1|DB963055
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|213606185|gb|DB961329.1|DB961329
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|42722894|gb|CK768793.1|CK768793
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16277273|gb|BI942295.1|BI942295
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|213611924|gb|DB960712.1|DB960712
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|15337614|gb|BI498270.1|BI498270
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|15201181|gb|BI424736.1|BI424736
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|120491270|gb|EH219437.1|EH219437
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|120534237|gb|EH262370.1|EH262370
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|8286018|gb|BE023506.1|BE023506
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193306110|gb|FK272307.1|FK272307
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|24205437|gb|BU964690.1|BU964690
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|5058244|gb|AI736720.1|AI736720
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|120534108|gb|EH262241.1|EH262241
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16105674|gb|BI893414.1|BI893414
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|208158950|gb|GD958311.1|GD958311
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193575887|gb|FK528532.1|FK528532
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|254329018|gb|GR833390.1|GR833390
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16277410|gb|BI942365.1|BI942365
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|8286017|gb|BE023505.1|BE023505
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16278309|gb|BI942835.1|BI942835
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|24136530|gb|BU927040.1|BU927040
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|9819512|gb|BE555025.1|BE555025
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16283995|gb|BI945850.1|BI945850
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16346115|gb|BI971710.1|BI971710
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAA-NNNNNNNNN
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|23064001|gb|BU578774.1|BU578774
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|298189268|gb|HO037671.1|HO037671
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193439720|gb|FK405923.1|FK405923
EST:     TTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: TTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16276881|gb|BI942092.1|BI942092
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16276985|gb|BI942144.1|BI942144
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|193325300|gb|FK289660.1|FK289660
EST:     AACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: AACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|16277574|gb|BI942451.1|BI942451
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
EST: gi|23056251|gb|BU577710.1|BU577710
EST:     ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATG                         ACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT
genomic: ATGTTGAACTCGTTGCCGTTAACGATCCTTTCATTACCACCGATTACATGgtatgctatg ... gcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttattgtaaaatcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGATGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA
                    atctgat  putative branch site (score: 4)
     attgtaaaatctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctatgttgtgtcttgatctctataactaagcacaaatagaatagctatgccttttgttcggataggttcagatcgttagggtgtttttattattttatttattgtaaaatcttagatctgattgttaagtgtgtttggttgcccatgtagACATACATGTTTAAATACGACAGTGTTCACGGGCACTGGAAGCATCACGATGTCACCGTTAAGGATGAGAAGACCCTTCTCTTCGGTGACAAGCCAGTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG