Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatccacagcaatgtgtcttttgttttttatatctttatgtattggtctaacattttttatatgttcaaagGTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGGCAAGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01090.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA18G53810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgatccacagcaatgtgtcttttgtttttta-----tatctttatgtattggtctaacattttttatatgttcaaagGTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGGCAAGC-
 ||||| | ||| |||      |||| |||| |       | |||||  ||||    |    |||||  |||||    |||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| ||| | || || 
-tatgacctaca-caacaaccattttattttctcatcaccaactttac-tatttaatttttttttttggtatgtatgcaggTTATGGACATGCTTGGTCCAAGCTTGTGGGATGTTTGGAATTCCTCAAGCCAGGCG

upper sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT3G13670.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
--------------gtatgatccacagcaatgtgtcttttgttttttatatctttatgtattggtctaacattttttatat-gttcaaagGTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGGCAAGC
               | |   | |   |  | | | || |  | | | |||| ||     | | ||     || ||| | | |  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||
gtactggattccccctttctcctatttctgttt-ttttctcctgtctgtatcattgaagttagatcctctcttctttgttttggcctcagGTTATGGACATGCTTGGGCCTAGCTTATGGGATTTATGGAATACTTCAGGGCAAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161715152|gb|FC063639.1|FC063639
EST:     GAGTGCCTAGAGTACACTATAAAGGAAAGCAAGGAGACTATTATGTGATG                         GTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGG
genomic: GAGTGCCTAGAGTACACTATAAAGGAAAGCAAGGAGACTATTATGTGATGgtatgatcca ... atgttcaaagGTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttgttttttatatctttatgtattggtctaacattttttatatgttcaaagGTTATGGACATGCTAGGGCCTAGCTTATGGGATGTCTGGAATTCTTCAGGGCAAGC
                             gtctaac  putative branch site (score: 2)
     tgttttttatatcttt  TA-rich tract