Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtttaagtgaatggaataaatggataaacaataactgaaatgataactgttatcttttcttatgatgcttaatgtcttgctcatttgtttggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGGAAATGCAGATGGTCTGCTTATAAGTTGTGTTGCATCTTGCTCAAATCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01090.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA18G53810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
-agtttaagtgaatggaataaatggataaacaataactgaaatgataactgttatcttttcttatgatgcttaatgtcttgctcatttgtttggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGGAAATGCAGATGGTCTGCTTATAAGTTGTGTTGCATCTTGCTCAAATCTG-
    | ||   | ||   ||  | || |  ||| |  |   |        ||  | | || | |   ||  | ||| ||| || | ||| ||| || ||||||||||||||||||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || || |||||||| || ||||| || |||||  
acagtgaacctagtgatttaccttga-aggcaaaagtttctaccgcttgagtattttgttatgactgtgtcttatgactt-ctgaattgattgtaatttaggTATCATTACAATGTAGCGGATGCAAGATTAGCGCAACATGTGGAGAGAGGGATTGCAGATGGCCTTCTAATTAGTTGTGTGGCTTCTTGTTCCAATCTCT

upper sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G47680.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
agtttaagtgaatggaataaatggataaacaataa--ctgaaatgataactgtta---tcttttcttatga---tgcttaatgtcttgctcatttgtttggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGGAAATGCAGATGGTCTGCTTATAAGTTGTGTTGCATCTTGCTCAAATCTG
        |||||  | | |  |  | | |   ||  |  || |    |||| |    | |||| ||||||   ||  | ||| ||| || | ||| ||| || ||||||| ||||||||||| || || | |||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||||| || || || |||||||| || ||||| || ||||| 
------catgaataaagttacagttttaccttcaaggcaaaagtttctactgcttgattattttgttatgactgtgtcttatggctt-ctgaattgattgtaa-ttagGTACCATTACAATGTAGCGGACGCAAGATTAGCACAACATGTGGAGAGAGGGATTGCTGATGGCCTTCTGATTAGTTGTGTGGCTTCTTGTTCCAATCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110704026|gb|EE081433.1|EE081433
EST:     GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTGCCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
genomic: GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
EST: gi|161718474|gb|FC065043.1|FC065043
EST:     GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
genomic: GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
EST: gi|110698357|gb|EE075776.1|EE075776
EST:     CCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
genomic: CCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
EST: gi|34543792|gb|CF512024.1|CF512024
EST:     GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTGCCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGAGGACAGAGG
genomic: GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
EST: gi|110388914|gb|EC953715.1|EC953715
EST:     GCTACCCAGTGGATTTCCGTATACAATGCTAGGCTGCCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
genomic: GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGG
EST: gi|161716446|gb|FC068431.1|FC068431
EST:     GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTGCCGATGAAACAGAG                         GTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACA-CATGTG
genomic: GCTACCCAGTGGATTTCAGTATACAATGCTAGGCTACCGATGAAACAGAGgtgagctgtc ... tggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aactgttatcttttcttatgatgcttaatgtcttgctcatttgtttggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGGAAATGCAGATGGTCTGCTTATAAGTTGTGTTGCATCTTGCTCAAATCTG
                                       tttgttt  CT-rich tract
     ttatcttttcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtttaagtgaatggaataaatggataaacaataactgaaatgataactgttatcttttcttatgatgcttaatgtcttgctcatttgtttggaaattagGTATCATTACAATGTTGCTGATGGAAGATTGGCACAACATGTGGACAGAGGAAATGCAGATGGTCTGCTTATAAGTTGTGTTGCATCTTGCTCAAATCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - -ggaataa
- - - - - - - - - - - - - aaacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgctc