Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaccaagattttacaacattttacagaatgatccttgtgtttctgtaggctgttgtccttgatttatttgatggtcaatattgtttttttgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACTTGCATTGGCAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08720.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20814309|gb|BQ298787.1|BQ298787
EST:     AACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAACGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: AACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
EST: gi|20814308|gb|BQ298786.1|BQ298786
EST:     AACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: AACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
EST: gi|58021674|gb|CX708415.1|CX708415
EST:     ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
EST: gi|207781927|gb|GD751860.1|GD751860
EST:     TTACACCAACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: TTACACCAACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
EST: gi|16996551|gb|BM085923.1|BM085923
EST:     ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
EST: gi|58023371|gb|CX710112.1|CX710112
EST:     ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAA                         TGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT
genomic: ATATTGTGTTTAATGATAGCTTTTGGTGTTACACCAACAGTCACATGCAAgtatgtatag ... tgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaggctgttgtccttgatttatttgatggtcaatattgtttttttgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACTTGCATTGGCAATG
                     atttgat  putative branch site (score: 5)
                                    ttgtttttttgtttc  putative PPT
                                aatattgtttttttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaccaagattttacaacattttacagaatgatccttgtgtttctgtaggctgttgtccttgatttatttgatggtcaatattgtttttttgtttcacagTGTTAGTAATGTTTACAAGGTTGTGAAGGGAAAGAATGGAAGCATGCCACTTGCATTGGCAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
aaaccaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgatgg