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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTACTCAGAGTTACCTGATATAAAACGTGTAATTGTAAACACACATGCTATCGAGCCACAGgtagtgcctctgaaatatattttggttgttaaacctactaagtggtcaagttgttgcataacactctgctccatatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G08530.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G08530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA11G35460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
CATTACTCAGAGTTACCTGATATAAAACGTGTAATTGTAAACACACATGCTATCGAGCCACAGgtagtgcctctgaaatatattttggttgttaaacctactaagtggtcaagtt-gttgcataacactctgctccatatgcag---------
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CATTACACAGAGTTGCCAGATATAAAACGTGTAATTGTAAATACACATGCAATTGAGCCACAGgtt-tgtgtgttccat-tgcttttataattta-tctattgtaacatcatgctagttttaaaatacttag-tcattgttcggttcttgcag

upper sequence: AT3G08530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA18G02960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
CATTACTCAGAGTTACCTGATATAAAACGTGTAATTGTAAACACACATGCTATCGAGCCACAGgt-----------agtgcctctgaaatatattttggttgttaaacctactaagtggtcaagttgttgcataacactctgctccatatgcag
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CATTACACAGAGTTGCCAGATATAAAACGTGTGATTGTAAATACACATGCAATTGAGCCACAGgtttgtgtgatccattgcttttataatttatct--attgtaacattatgctagtttttaaattcttagtcattgttcaattct---tgcag