1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...attagaagagtcaatccttttgttgagtattcaataggattaaaccttggtgcttaatgaattactgttcatgttgatttttcctgtcatctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAGACGCGAATTAAGTGCAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G096470_T01 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAG GGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAGCAGEST: gi|67021387|gb|CO450136.1|CO450136
genomic: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAGgttggtttca ... ctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAG
EST: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAG GGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAGEST: gi|211105491|gb|FL194154.1|FL194154
genomic: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAGgttggtttca ... ctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAG
EST: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAG GGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAG
genomic: AAGGGTGAGCTGTGCCAACTGCTAGAGGAGAGAAGATCCGCTGTTCTGAGgttggtttca ... ctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAG
cttggtgcttaatgaattactgttcatgttgatttttcctgtcatctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAGACGCGAATTAAGTGCAAAG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tttttcctgtcatct CT-rich tract
ttaatgaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attagaagagtcaatccttttgttgagtattcaataggattaaaccttggtgcttaatgaattactgttcatgttgatttttcctgtcatctgtatccagGGCTGATGAATTAGAGACAGCACTTATGGAGATGGTTAAGCAAGATAACAGACGCGAATTAAGTGCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG