Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attcaatgtgctgaaatggagctgattttgtacacaatggattcacatctcatttgtatgcagtgcctcttatttttgtgctttgattgtccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCTGTTAGATCAATTGCTCGGCTCTATGATGCTGGTATGGGAATGCTCATCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 52
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58020049|gb|CX706791.1|CX706791
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|193476454|gb|FK443025.1|FK443025
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208277980|gb|GE073573.1|GE073573
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|151410989|gb|EV280804.1|EV280804
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208131150|gb|GD927257.1|GD927257
EST:     GAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: GAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208208141|gb|GE005500.1|GE005500
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|9440070|gb|BE440581.1|BE440581
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|193531326|gb|FK484193.1|FK484193
EST:     ATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCT                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: ATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208093857|gb|GD892364.1|GD892364
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|58016476|gb|CX703218.1|CX703218
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208186249|gb|GD986794.1|GD986794
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|58019591|gb|CX706333.1|CX706333
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|193489733|gb|FK455040.1|FK455040
EST:     GGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: GGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|58023673|gb|CX710414.1|CX710414
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
EST: gi|208094285|gb|GD894010.1|GD894010
EST:     TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCA                         ATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT
genomic: TATTTGCTTCTATGTTGGCTTTCATTCCTACTGGTTGGGGAATTCTGTCAgtgagttttc ... ccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catctcatttgtatgcagtgcctcttatttttgtgctttgattgtccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCTGTTAGATCAATTGCTCGGCTCTATGATGCTGGTATGGGAATGCTCATCT
                                   ctttgat  putative branch site (score: 5)
                      tcttattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attcaatgtgctgaaatggagctgattttgtacacaatggattcacatctcatttgtatgcagtgcctcttatttttgtgctttgattgtccatgtttagATTGCTGCTGCCTGGAAGCCGGTGATGAAGAGGTTTGGACTATGGAAATCTGTTAGATCAATTGCTCGGCTCTATGATGCTGGTATGGGAATGCTCATCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - tgctgaa
- - - - - - - - -ggagctg
- - - - - - - - - - - - - - tgtacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctttg