Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatttgacaagtgttagtatgcaattctttttacatatttacatgtacagaatatgaacaggtttgtgaactgaccgcttctgtttggcattttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 50
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193532962|gb|FK492880.1|FK492880
EST:     TGGTTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: TGG-TATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|58020049|gb|CX706791.1|CX706791
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|207843762|gb|GD816565.1|GD816565
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|193527584|gb|FK486334.1|FK486334
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|193397230|gb|FK363306.1|FK363306
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTT
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTT
EST: gi|9440070|gb|BE440581.1|BE440581
EST:     ATCGTGTACTTATCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTGACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATCGTGTAC-AAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|298188356|gb|HO035049.1|HO035049
EST:     ATGGTATTGTGTACAAGCTTAACGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGACTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTC
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTC
EST: gi|58016476|gb|CX703218.1|CX703218
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|58019591|gb|CX706333.1|CX706333
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|208309805|gb|GE105095.1|GE105095
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|19937309|gb|BQ081239.1|BQ081239
EST:     ATGGTATTGTGTACAAGCTTAACGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGACTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
EST: gi|58023673|gb|CX710414.1|CX710414
EST:     ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACG                         GTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
genomic: ATGGTATCGTGTACAAGCTTAATGTGAAAGGAACAAGTACTTCACTGACGgtattacctg ... ttttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacagaatatgaacaggtttgtgaactgaccgcttctgtttggcattttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG
                       aactgac  putative branch site (score: 2)
                                            attttgtata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatttgacaagtgttagtatgcaattctttttacatatttacatgtacagaatatgaacaggtttgtgaactgaccgcttctgtttggcattttgtatagGTTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG

- - tgacaag
- - - - - - - - gtatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtttgtg