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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgctgcttacatcctttgatagtgtccttttcggacttggttttgctgcatttgtggctgtgtaaagtctctgttactgtgtgcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 39
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 39
lower sequence: LOC_Os03g02756.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatgtgctgcttacatcctttgatagt-gtccttttcggacttggttttgctgcatttgtggctgtgtaaagtctctgttactgtgt-gcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA
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gtgttgtttcactagatttttgttcagtcgttttgttgtggctttacttca--gtagtcatctcagttcaaacttacaatctctcttttgtagTGTTTCTTCGCTGGCCTCGTTTATGTCCAATCAGGAAACTAGTTTTGTCACATTGGGACAGCGTGTTCTGGCCAATCCACTGAA

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 39
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 36
gtatgtgctgcttacatcctttgatagtgtccttttcggacttggttttgctgcatttgtggctgtgtaaagtctctgttactgtgtgcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA
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---------gtctgaaccagacatgcgtatatctattt-acttatttt--ctatcattacc-ttacatacttgttctgcgataatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATGTCCAATCAAGAAACCAGCTTTGTAACTCTAGGTCAACGAGTATTGGCAAAACCCTTAAA

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 39
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 34
--------gtatgtgctgcttacatcctttgatagtgtccttttcggacttggttttgctgcatttgtggctgtgtaaagtctctgttactgtgtgcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA
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gtacttttccacatagtagcttagcacttgaatgc--ttgttttctgactgataattatttcattt-tacctg-ataagttatacatgatttt--gcagTGTCTCTTCTTTAGCCTTATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGCTTTGTTACTCTAGGCCAGCGTGTTCTGGCAAAACCTTTAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193510265|gb|FK469815.1|FK469815
EST:     CTTCGTCCTCCTACTATACTTGGTGTTAGAGAACATGTCTTCACTGGCAG                         TGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGAC
genomic: CTTCGTCCTCCTACTATACTTGGTGTTAGAGAACATGTCTTCACTGGCAGgtatgtgctg ... ctgtgtgcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGAC