Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggcttaagctcttattttattgctgtttgaaattgtgttttctttttgcctcgcttttccctcttctgctcttttttttatattcttgttaattcacagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 41
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 41
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 36
tggcttaagctcttattttattgctgtttgaaattgtgttttctt---tttgcctcgcttttccctcttctgctctt--ttttttatattcttgttaattcacagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG
     |||  || |  |||||   ||| ||    |||||   |||    |||    |   ||     |||| | |    | ||| || ||   ||| |    |||||||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||
-----taatgtccttgtttatatgtgtgtgtgtgtgtgtacacttatgcttggacagtaatttaaatttcttcccgaggtatttaattttggagttgaaatgcagGATTCAATTCAACATTGCGCCAAGGGAATGTTACTCATCATGAATATATTCAG

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 41
lower sequence: PP1S13_132V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 38
tggcttaagctcttattttattgc-tgtttgaaattgtgttttctttttgcctcgcttttccctcttctgctcttttttttatattcttgttaattc----acagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG
       ||  ||   | ||| || |  || |  |||| | |   | |    ||| |      | ||||  | | |  |    |   || | | |||     |||| |||||||| || ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||
---tgagagtcctccctctatggcatactttacgttgtctgtgtctgtca--tcgatagcatgttttctagtttataatgataaactttctcacttcttttgcagGGTTCAATTCCACTTTACGACTAGGGAATATTACTCATCATGAATATATTCAG

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 41
lower sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 40
tggcttaagctcttattttattgctgtttgaaattgtgttttctttttgcctcgcttttccctcttctgctcttttttttatattcttgttaattcacagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG
|||| | |  | | |   | | ||   |||    ||  | ||             |        |  |     || ||   | ||||  |   ||  |||| || |||||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||
tggcatcatgtttaaaaatttggcaacttgctgctgcttgttaagagaaagggagtaccaatgttctttaagcttattcccttttctaatccttttgcagGTTTTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgcctcgcttttccctcttctgctcttttttttatattcttgttaattcacagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG
                                          tgttaat  putative branch site (score: 3)
       cgcttttccctcttct  CT-rich tract
                         tcttttttttatattc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tggcttaagctcttattttattgctgtttgaaattgtgttttctttttgcctcgcttttccctcttctgctcttttttttatattcttgttaattcacagGATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - -tgctgtt