Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAAgtaagcccattttaaattaaataatgatttctcgtcaagattcaaactaagtatgacaatgatgctctattcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 40
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 40
lower sequence: LOC_Os03g02756.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAAgtaagcccattttaaattaaataatgatttctcgtcaagattcaaactaagtatgacaatgatgctctattcag-----------
||| || ||  | || || |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | || |||||| |||||||||  | ||||| || | |||    ||     ||| || |||    ||||   | | ||      | |  |            
TGTTTCTTCGCTGGCCTCGTTTATGTCCAATCAGGAAACTAGTTTTGTCACATTGGGACAGCGTGTTCTGGCCAATCCACTGAAgtaagtgc-ttttacataatatatattttctatttcatgagtcatttcaagttacatactgtcaacatttggaattcttttgcag

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 40
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 35
TGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAAgtaagcccatttta--aattaaataatg-atttctcgtcaaga---ttcaaactaagtatgac-aatgatgctctattcag----------
|||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| ||| | ||||| || || |||||||  ||||| |  ||  ||  |||  ||||   ||||      || ||| |  | || ||    | ||   | || |           
TGTCTCTTCTTTAGCCTTATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGCTTTGTTACTCTAGGCCAGCGTGTTCTGGCAAAACCTTTAAAgtaagttcatttaattaagcaagcaatttatttgatgtcatatcattttaaatttgggataactggagctgaaatctttaataatggccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193510265|gb|FK469815.1|FK469815
EST:     GAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA                         GGTCCGCATGCACTATGGGCATCCTGATGTTTTTGATAGAATATTCCACAT
genomic: GAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAAgtaagcccat ... ctctattcagGGTCCGCATGCACTATGGGCATCCTGATGTTTTTGATAGAATATTCCACAT