Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaaaaatatgtgttgtgtttgtgctccatttagatgtgtatgttggtaattttgtatcttgatgctatcttttattcttgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAATCTCCCTTTTAGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 51
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 51
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 48
----------gtgaaaaatatgtgttgtgtttgtgctccatttagatgtgtatgttggt--aattttgtatcttgatgctatcttttattc---ttgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAATCTCCCTTTTAGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG
             |  |  |||  |  | ||       | |||     | |   |   |   |||   |    ||| | |||||   ||      |    ||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |  || | |||||||||||  | ||| | ||  | || || |||||  || | ||||
gttagtttattccatcagcatgcttcattttccgataacctttgatcctctgactaaatttgattacatgatctga-gatatctcccatgtgaactttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGGTTTATACAAGGTCTATCCTTATTGATGGCTCTAGCTGGCATAATCGTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193532962|gb|FK492880.1|FK492880
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|58020049|gb|CX706791.1|CX706791
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|207843762|gb|GD816565.1|GD816565
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGT
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCG-
EST: gi|193527584|gb|FK486334.1|FK486334
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|151410989|gb|EV280804.1|EV280804
EST:     GGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: GGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|9440070|gb|BE440581.1|BE440581
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|58016476|gb|CX703218.1|CX703218
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|193677564|gb|FK616166.1|FK616166
EST:     TGGTCTCTCAGTGGGTAGGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TGGTCTCTCA-TGGGTA-GTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|58019591|gb|CX706333.1|CX706333
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|208309805|gb|GE105095.1|GE105095
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|19937309|gb|BQ081239.1|BQ081239
EST:     TTTATGGACTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGNCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
EST: gi|58023673|gb|CX710414.1|CX710414
EST:     TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAG                         GTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC
genomic: TTTATGGTCTCTCATGGGTAGTTCTGGCTGTGCTTATAATTCTTTTCAAGgtgaaaaata ... tgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgtatgttggtaattttgtatcttgatgctatcttttattcttgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAATCTCCCTTTTAGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG
                       tcttgat  putative branch site (score: 4)
                               ctatcttttattctt  CT-rich tract
             taattttgtatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaaaaatatgtgttgtgtttgtgctccatttagatgtgtatgttggtaattttgtatcttgatgctatcttttattcttgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAATCTCCCTTTTAGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA