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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctgcctactctatgctgtctctttctgtacttgtcttctgaaatgttaatctgtttatttgtcaacagTATCAAGCAACTGGCCGCGGGTTTGTTGTTCGCCATATCAAATTTTCAGAGAACTACAGACTCTACTCTCGTAGTCATTTTGTTAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 46
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 46
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 41
gtttgtctgcctactctatgctgtctctttc---tgtacttgtcttctg--aaatg-ttaatc--tgtttatttgtcaacagTATCAAGCAACTGGCCGCGGGTTTGTTGTTCGCCATATCAAATTTTCAGAGAACTACAGACTCTACTCTCGTAGTCATTTTGTTAAAGG
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gtttgttctcctgcttcctttttccttgatcaattatatttttagtatggaaaatgatcaaccgttgttaatttctcgacagTATCAAGCAACTGGTAGGGGATTTGTCGTCCGCCATATTAAATTTTCTGAGAATTATCGGCTTTACTCCCGTAGTCATTTTGTTAAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254331761|gb|GR843611.1|GR843611
EST:     GTACAAGAACACATTATTTTGGTCGGACCATTCTTCATGGTGGTGCAAGG                         TATCAAGCAACTGGCCGCGGTTTTGTTGTCCGCCATATCAAATTTTCAGAG
genomic: GTACAAGAACACATTATTTTGGTCGGACAATTCTTCATGGTGGTGCAAGGgtttgtctgc ... ttgtcaacagTATCAAGCAACTGGCCGCGGGTTTGTTGTTCGCCATATCAAATTTTCAGAG
EST: gi|298188356|gb|HO035049.1|HO035049
EST:     GTACAAGAACACATTATTTTGGTCGGACCATTCTTCATGGTGGTGCAAGG                         TATCAAGCAACTGGCCGCGGTTTTGTTGTCCGCCATATCAAATTTTCAGAG
genomic: GTACAAGAACACATTATTTTGGTCGGACAATTCTTCATGGTGGTGCAAGGgtttgtctgc ... ttgtcaacagTATCAAGCAACTGGCCGCGGGTTTGTTGTTCGCCATATCAAATTTTCAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctgtctctttctgtacttgtcttctgaaatgttaatctgtttatttgtcaacagTATCAAGCAACTGGCCGCGGGTTTGTTGTTCGCCATATCAAATTTTCAGAGAACTACAGACTCTACTCTCGTAGTCATTTTGTTAAAGG
                              tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                        tttattt  putative PPT
                                ttaatctgtttattt  TA-rich tract