Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   		52  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtattcttaccatttgtttatattttcacattttcatcatatattttcttgtcaccatttggttatattttcacatttttcatttcttttagGTGTTCTGGACATTTTCATGATGTATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTTAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTTAGCCTTGCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38860.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 14
gtgtgtattcttaccatttgtttatattttcacattttcatcatatattttcttgtcaccatttggttatattttcacatttttcatttcttttagGTGTTCTGGACATTTTCATGATGTATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTTAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTTAGCCTTGCTTC
  ||  | |||||    |  |     | || || || || |||| |||| |  ||  |  | |     |||    || || ||| || | |  |||||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  | ||||| ||||| |||||| | |||||  |||||||| ||||||||||
--gt-cagtcttaagcctcatac---tctttactttatcttcatttattgttatga-attagtgaagaataag--caaatgtttaatgt-taatagGTGTTTTGGAAGTTATCATGATGTACGGTGCCTATTCTACAACAAGACGTCTGGCTGTTTCTCGCATTTTTCTTCGTTTCATTTGGTTTGGCCTTGCTTC

upper sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 15
-gtgtgtattcttaccatttgtttatattttcacattttcatcatatattttcttgtcaccatttggttatattttc-acatttttcatttcttt---tagGTGTTCTGGACATTTTCATGATGTATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTTAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTTAGCCTTGCTTC
  | |  |||     ||       ||| ||    |  |  ||  |  || ||  | | |    || |||   ||    | | | ||  |||||||   |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |  ||||||| |||||| ||||| | ||||| || ||||||||  |||||||
gatttccattggggacaaaaaaa-atagttagctagctatatagtgcatctttctatgatttctttgtttagttacagaaagtgtttgtttctttacatagGTGTTTTAGACATTCTCATGATGTATGGTGCATATTCTACAACACGAAGTGTAGCTGTATCTCGAGTTTTTCTCCGTTTCCTCTGGTTTAGTGTTGCTTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catatattttcttgtcaccatttggttatattttcacatttttcatttcttttagGTGTTCTGGACATTTTCATGATGTATGGTGCATATTCAACAACAAGACGCTTAGCTGTCTCTCGAATTTTTTTACGTTTTCTTTGGTTTAGCCTTGCTTC
                              ttttcacatttttcat  CT-rich tract
                         ttatattttcacattt  TA-rich tract