1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagcttactcttggattttgtaattttcctttattgtgccaacaatcttcaatgccttaacatcatttacatgatgccag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G37170.2 |
intron # | 9 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAACEST: gi|254340371|gb|GR858496.1|GR858496
genomic: AGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAC
EST: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAACEST: gi|207747615|gb|GD717940.1|GD717940
genomic: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAC
EST: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATCAAGAGATTACTTCCATCAAAAGTGGAGGGAAEST: gi|193403381|gb|FK367703.1|FK367703
genomic: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAA-GTGGAGGGAA
EST: GATGCTTATGTTAGTCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAEST: gi|7691632|gb|AW759756.1|AW759756
genomic: GATGCTTATG-TAG-CTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAA
EST: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAACEST: gi|298188346|gb|HO035039.1|HO035039
genomic: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAC
EST: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTG CTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAC
genomic: GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagct ... atgatgccagCTTGTGATGTCCCTGGAATTAAGAGATTACTTCCATCAAAGTGGAGGGAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTACTGCCAAGAAAATTGTGAAAGCTGATGCTTATGTAGCTGgttagtagcttactcttggattttgtaattttcctttattgtgccaacaatcttcaatgccttaacatcatttacatgatgccag
- - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - GCTGAT