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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCTCTCCTCTGTTCCCATCACTACCCGTTTCACCCGGACCCACAAGTCTCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatttcaatttctcatcaattgtcgatgttacacttatattagcagtatctttttttccccttctctttatctattatttttttttcatttttgggagtgttggaataatttggaaattaaaggcatagttagtttggggagtgtcacaacgtttagataataattcttaaactgtaagtttgacatggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G37170.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209716760|gb|BW682242.1|BW682242
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|209724167|gb|BW659701.1|BW659701
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|20497971|gb|BQ272901.1|BQ272901
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|151412615|gb|EV282427.1|EV282427
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|213611643|gb|DB969031.1|DB969031
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|213605385|gb|DB964580.1|DB964580
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|209707945|gb|BW657040.1|BW657040
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAAC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAAC
EST: gi|209703397|gb|BW676224.1|BW676224
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|209697794|gb|BW663938.1|BW663938
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|207711676|gb|GD694152.1|GD694152
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|213600322|gb|DB964360.1|DB964360
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
EST: gi|213613973|gb|DB960952.1|DB960952
EST:     TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACG                         CGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC
genomic: TCGCCTTCGTTGCTCCTTAGATGCTAATGTTTCCGACATGAGCGTTAACGgtttgtaatt ... gacatggcagCGCCAAAAGGGTTGTTTCCTCCGGAACCAGAACATTATCGAGGACCGAAGC