Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGGgtaagtaattcttttctatatttataagaagtatggaattataattaagggtatttgatgaatgattcttttagcatttcaatgatgggtctattaattt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02570.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12690072|gb|BG156408.1|BG156408
EST:     TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGG                         GTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
genomic: TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGGgtaagtaatt ... tgttctgcagGTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
EST: gi|9987734|gb|BE661842.1|BE661842
EST:     TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGG                         GTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
genomic: TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGGgtaagtaatt ... tgttctgcagGTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
EST: gi|151403392|gb|EV273202.1|EV273202
EST:     GAGAAATGTGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGG                         GTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
genomic: GAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGGgtaagtaatt ... tgttctgcagGTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
EST: gi|209710530|gb|BW662066.1|BW662066
EST:     TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGG                         GTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG
genomic: TTTTGAGAAATATGTTAAGAATTGGGTTGCAATTTGTGCGCCATTCCAGGgtaagtaatt ... tgttctgcagGTGCACCAGGAACCATCAATTCTACCTTTTTAAATGGAATGTCATTTGTGG