Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAAATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaatttccctatacacaatccttgtgcaattgatgtcttcttggtattgtgtcaatgaagtagcattagtgctggtggtaataattgggttaagagcccgaaatgtattttgattaaacctaaatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G02570.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254349193|gb|GR859999.1|GR859999
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|19346117|gb|BM890997.1|BM890997
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|193651309|gb|FK599016.1|FK599016
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|9987734|gb|BE661842.1|BE661842
EST:     ATACCTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCNGANGCCAAGGGTTG
genomic: ATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCA-GCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGC-AAGGGTTG
EST: gi|16349067|gb|BI974662.1|BI974662
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|192328617|gb|FK020807.1|FK020807
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|298188362|gb|HO035055.1|HO035055
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|4313841|gb|AI460960.1|AI460960
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|192295612|gb|FG990466.1|FG990466
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
EST: gi|151403392|gb|EV273202.1|EV273202
EST:     AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAG                         GCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG
genomic: AATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaat ... ctaaatgcagGCTGATGGTCTCAATGCGGAGGCAAGGGTTGGCGTGCCCGGTGAACATCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCAAATACGTATGTGTTGATGGAGATGGAACAGTTCCTATAGAATCAGCGAAGgtttgttaatttccctatacacaatccttgtgcaattgatgtcttcttggtattgtgtcaatgaagtagcattagtgctggtggtaataattgggttaagagcccgaaatgtattttgattaaacctaaatgcag

- - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - GATGGA