Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGAGTAGTGCAGCAGGAAAGACACCTGCCCCAGGTCAGGCTGTATACTCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttgagtgtgtatattatcttcagtagaaggaatgcaatttaccatgataaaccatactatagtgcataactggaagataaaatgcagtagttttcctccaatgagaagaaaaaatgggtacaatggatgctgttttgttctaattatcatgcactactaatcatttaatggtggca

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47960.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6726744|gb|AW311098.1|AW311098
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTNCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|9258099|gb|BE346246.1|BE346246
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|192305184|gb|FG993950.1|FG993950
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACGGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|209725123|gb|BW663063.1|BW663063
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|11117943|gb|BF219536.1|BF219536
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|18848709|gb|BM567821.1|BM567821
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTC
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTC
EST: gi|254342710|gb|GR858872.1|GR858872
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|31306857|gb|CD392060.1|CD392060
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGG
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGAATCCAGGTAACTGTGGTCTGTCCTGGTCCAATAGA
EST: gi|6724680|gb|AW309013.1|AW309013
EST:     TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGA                         GCTTTGTCAGAAAGGA
genomic: TCTGCTTCTAAATATGCGCTCAATGGTTACTTCCATACCTTGCGTTCAGAggtatgttga ... aatggtggcaGCTTTGTCAGAAAGGA