Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtgcattctttatggtgagtatactgttgttgattctttcaattagtatgaactataatttccagattgcaactttaatccttaaatcctttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTATTGGGTCATGGACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G47960.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31310629|gb|CD395832.1|CD395832
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|192305184|gb|FG993950.1|FG993950
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCACGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|209725123|gb|BW663063.1|BW663063
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|11117943|gb|BF219536.1|BF219536
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|254342710|gb|GR858872.1|GR858872
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGG
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGG
EST: gi|31306857|gb|CD392060.1|CD392060
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|5057637|gb|AI736113.1|AI736113
EST:     TGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: TGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
EST: gi|9983116|gb|BE657224.1|BE657224
EST:     ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCA                         GCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA
genomic: ACTATTATTGCTGCAACTCATGGCTTAAAGGAAGCTTGGATATCATATCAggtaaaagca ... tttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtatgaactataatttccagattgcaactttaatccttaaatcctttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTATTGGGTCATGGACAA
                            ctttaat  putative branch site (score: 4)
                                          tccttt  putative PPT
                             tttaatccttaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtgcattctttatggtgagtatactgttgttgattctttcaattagtatgaactataatttccagattgcaactttaatccttaaatcctttgagtgcaGCCTGTGCTTGCTGTCATGTATCTCGTTCAGTACATGCCAACTATTGGTTATTGGGTCATGGACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- -gcattct
- - - - - -tatggtg
- - - - - - - - - - - - - gttgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcaact