1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ATGAAGTATAGACAACGTGTTCTTGGTTTGATACTTGTTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcctatgcaagaaagattttgttttgttctaaaaatcaatcttgttcttttctgaagattttataatattttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G34820.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAG GTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAAEST: gi|58018316|gb|CX705058.1|CX705058
genomic: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcc ... tattttgcagGTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
EST: TCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAG GTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGTTTAAGGAAEST: gi|163926357|gb|EH038463.1|EH038463
genomic: TCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcc ... tattttgcagGTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
EST: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAG GTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAAEST: gi|207753191|gb|GD724147.1|GD724147
genomic: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcc ... tattttgcagGTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
EST: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAG GTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAAEST: gi|192310053|gb|FK000645.1|FK000645
genomic: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcc ... tattttgcagGTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
EST: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAG GTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
genomic: TTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcc ... tattttgcagGTCATGTCAAATTTACTATACTTTTATGGCATGTGTGGGGTGGTTAAGGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGAAGTATAGACAACGTGTTCTTGGTTTGATACTTGTTTCTCCTCTATGTAAAGAACCGTCTTGGACTGAATGGTTGTACAACAAGgttctgttcctatgcaagaaagattttgttttgttctaaaaatcaatcttgttcttttctgaagattttataatattttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC