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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgttctaatgtctatctttatttttgggactgtttgttttttaaataccatacaggtccatgtgatttttttttcaagtcaaattattgttggctggtccactgagtgttatgacctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCTGAAATAATGATTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08930.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtacgttctaatgtctatctttatttttgggactgtttgttttttaaataccatacaggtccatgtgatttttttttcaagtcaaattattgttggctggtccactgagtgttatgacctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCTGAAATAATGATTAAG
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-----------------------gttagtggaccatccttccttt---cattatctgattccacatttagcttacttggaaaaaaaaaa-----ggttg-----ctgaatactatgatattttctcagGATAATCCTGCCAGGGCTAATGGTCACATCTTCAATGTGGGCAACCCCAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCAGAAATGATGACTGAG

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv03s0017g00680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtacgttctaatgtctatctttatttttgggactgtttgttttttaaataccatacaggtccatgtgatttttttttcaagtcaaattattgttggctggtccactgagtgttatgacctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCTGAAATAATGATTAAG
                           || |          |||     |  |||    ||||  |    |||  ||  |   |||  |          |    |||| | |||||| || ||  ||||| || |||| |||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| ||||| |||| | ||
--------------------------gtgagttgaccatcctttctttcattatatgattccacatttagtttacttggaaaaaaaaaa------aacaggatgctgaatattatgatcttttctcagGATAATCCTGGCAGGGCTAATGGTCACATCTTCAATGTGGGCAACCCAAACAATGAAGCTACAGTTAAGCAGCTTGCAGAAATGATGACTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151398396|gb|EV268267.1|EV268267
EST:     CATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: CATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|19936465|gb|BQ080876.1|BQ080876
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|7588807|gb|AW704595.1|AW704595
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|11687703|gb|BF595379.1|BF595379
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|192318503|gb|FK006175.1|FK006175
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|14259260|gb|BG882168.1|BG882168
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|31462304|gb|CD404332.1|CD404332
EST:     TAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: TAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|192318504|gb|FK006176.1|FK006176
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|21677747|gb|BQ630098.1|BQ630098
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|11411657|gb|BF423668.1|BF423668
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15286108|gb|BI469999.1|BI469999
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTTTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCTACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|6069760|gb|AW099378.1|AW099378
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15288309|gb|BI472200.1|BI472200
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|254325144|gb|GR834569.1|GR834569
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|13791179|gb|BG653770.1|BG653770
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|8401851|gb|BE057485.1|BE057485
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|22525128|gb|BU083939.1|BU083939
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15204360|gb|BI427128.1|BI427128
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15286107|gb|BI469998.1|BI469998
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|21887853|gb|BQ741066.1|BQ741066
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|9898918|gb|BE607886.1|BE607886
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15203309|gb|BI426077.1|BI426077
EST:     CTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: CTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|19052926|gb|BM731593.1|BM731593
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|6069764|gb|AW099380.1|AW099380
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|120495764|gb|EH223931.1|EH223931
EST:     TTGCTGATGATT                         G-AAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATAGTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: TTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|7691411|gb|AW759539.1|AW759539
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|13787882|gb|BG650474.1|BG650474
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|19268695|gb|BM884951.1|BM884951
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|26269066|gb|CA820129.1|CA820129
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15813933|gb|BI786208.1|BI786208
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|20814809|gb|BQ299287.1|BQ299287
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|298175667|gb|HO015186.1|HO015186
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|15203277|gb|BI426045.1|BI426045
EST:     CTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: CTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
EST: gi|254313743|gb|GR831372.1|GR831372
EST:     GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATT                         GAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC
genomic: GAACCTTTGTTTACATTAAAGATGCTATTGAAGCTGTCTTGCTGATGATTgtacgttcta ... ctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcaagtcaaattattgttggctggtccactgagtgttatgacctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCTGAAATAATGATTAAG
          aaattattgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacgttctaatgtctatctttatttttgggactgtttgttttttaaataccatacaggtccatgtgatttttttttcaagtcaaattattgttggctggtccactgagtgttatgacctgttaacagGAAAACCCTGCCAGGGCCAATGGCCACATATTTAATGTGGGTAACCCAAACAATGAGGTTACTGTTAGGCAGCTTGCTGAAATAATGATTAAG

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