Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08930.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgagttttg-atttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
||||||   | |  | || || || |  |||  ||   |     |||| | ||   |||     ||   |||  | | |       ||||||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||| || ||||||||  |||||||||| |||||
gtgagtgcagtaacttttgttattca--tgtcattacctgaacactttgt-aaccgtgtg----ctttttgagctttaac------cagCTGAAGGAGCAGAAAATGGCCTTGAGTTCACAATTGTGAGACCTTTCAATTGGATTGGACCAAGAATGGACTTTATTCCTGGTGTTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G167872_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
----gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctt---tttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattat-tggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
    ||    |   ||||     |||   | || ||   || || ||||     |||  || ||||  || ||| |    | ||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  | |||||||||||||||||  | |||||||| |||||
gtcagtagagtaaaattttgcactgtgccgctgatggccttcttgttctaacacttcttttatgttt-ttgtcattttgatttgagtatctgccagCTGAGGGTGCAGAAAATGGCCTTGAATTCACAATCGTGAGACCTTTTAATTGGATTGGGCCAAGGATGGATTTCATTCCTGGTGTCGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G063949_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
----gtgagttttgat-ttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgtta--attctcactgatgtgt-gattattggc-agCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
    || | ||    | || ||||||     |||| | |  |  | ||| || ||  |||  |||  ||| ||| |  | | | ||  ||   | |||||| ||||| ||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||||||  |||||||||| |||||
gttagtaaattagcttgttatttttgccactgtgtagctgatggtcttccttctcgttttaattattattgtcatttttttattgaacatccaccagCTGAAGGTGCAGAAAATGGCCTTGATTTCACAATCGTGAGACCTTTCAATTGGATTGGACCAAGGATGGACTTCATTCCTGGTGTTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G27860.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
          |    ||| |||||| |  |  | ||  |             ||    | |   |||||    |||   |  || |||||||||||||||| |||||  | |||||||| || ||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||| || ||
--------gtaagcatttctgtttaag-atgatgttggtaaaaacaaaaggtttacacttaacttcact----tgtttcttgtgacagCTGAGGGTGCTGAGAATGGGCTTGAGTTCACCATCGTACGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCCGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G08200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcac-tgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
    || |  | || || ||        |   |||||| |||       |||    ||   ||||||| | |  | |   |  | ||||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||
----gtatgtagtt-ttcttacacgaaagaaattttttgtttctagacacaaaaaagt---ttctcacgtcacttttttctggttgcagCTGAGGGTGCTGAGAATGGACTCGAGTTCACCATTGTAAGACCATTCAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
----gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
    ||||  |||    |   | |||     | ||    |   | |   |  |  ||  |  | ||| | | |  | | | ||| ||  |||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattt-tttttcattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0017g00680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgttt----ttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
||||||     |||   |   | | | ||||  ||    |   | |   |  |  || ||  ||||| |   |    | | ||||||  ||||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
gtgagtcaacttttccatcaatctggatgtttcttaacatgcatctgtctcatagatctttctaattttttttttattattattatttacagCTGAAGGTGCAGAGAATGGCCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGGCCTAGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19936465|gb|BQ080876.1|BQ080876
EST:     GTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|193344757|gb|FK313245.1|FK313245
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTTGTAGGGTGCTAGAAAATGGCTTG
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCT-G-AGGGTGCT-GAAAATGGCTTG
EST: gi|21677201|gb|BQ629552.1|BQ629552
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120529417|gb|EH257551.1|EH257551
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|7588807|gb|AW704595.1|AW704595
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|11687703|gb|BF595379.1|BF595379
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|14259260|gb|BG882168.1|BG882168
EST:     CTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: CTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|11411657|gb|BF423668.1|BF423668
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|207756148|gb|GD727047.1|GD727047
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|6069760|gb|AW099378.1|AW099378
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120533375|gb|EH261508.1|EH261508
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120533338|gb|EH261471.1|EH261471
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|15204360|gb|BI427128.1|BI427128
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|23057703|gb|BU578258.1|BU578258
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|21887853|gb|BQ741066.1|BQ741066
EST:     AGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: AGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|10233113|gb|BE802058.1|BE802058
EST:     GAAGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGANGGTGCTGAAAATGGCTTGGAG
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAG
EST: gi|6069764|gb|AW099380.1|AW099380
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|13787882|gb|BG650474.1|BG650474
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|20448618|gb|BQ252742.1|BQ252742
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|24135586|gb|BU926096.1|BU926096
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCT
EST: gi|254313743|gb|GR831372.1|GR831372
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|26047224|gb|CA784089.1|CA784089
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGACCTCGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCAAGTGA
     tttttctttttcaatt  TA-rich tract