Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08930.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtt-taggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag
|| || |||||||| || || || |||||||||||| | ||||  |||||| | ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| |||| ||||||||   |  |   ||||||| |   |||  ||   |     |||| | ||   |||     ||   |||  | | |  |       
GTACTGAAAGAAGATGAATCCCCCTGCATTTTTGGTCCAATTGTGAAACAGCGATGGTCTTATGCATGTGCGAAGCAGCTTATTGAGAGGCTTATTTTTGgtgagtgcag--taacttttgttattcatgtcattacctgaacactttgt-aaccgtgtg----ctttttgagctttaaccag------

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT2G27860.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgag--ttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag
||||||||||||||    || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||  |||||||||| ||  |||| ||| ||  |||   |||    |  | | |||            |||    || || ||   |  ||     |||                 
GTTCTTAAAGAAGATATTTCCCCTTGCATATTTGGTTCAATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCGTGTGCAAAGCAACTGATTGAGAGACTTGTTTACGgtaagcatttctgtttaagatgatgttggtaaaaacaaaaggtttacactt-aacttcacttgtttcttgtgacag--------------

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G08200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag
|| || ||||||||    || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||  | |||||||| ||  |||| |||  |   |  |||  ||      | |   | |||| ||| |        ||   | |      |||||  | | || ||   |    
GTACTCAAAGAAGATATATCCCCTTGCATCTTTGGTTCAATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCTTGTGCAAAGCAACTTATTGAGAGACTTGTTTACGgtatg---tagttttcttacacgaaagaaattttttgtttctagacacaaaaaagtttctcacgtcacttttttctggttgcag----

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgttt----ttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag
|| || |||||||| |  || || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||     |||   |   | |    |||  ||    |   | |   |  |  ||  |  | ||| | | |  | | | ||| ||  |||
GTCCTCAAAGAAGATGCCTCCCCCTGCATTTTTGGTCCGATTGAGAAGCAGAGGTGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTGATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctcatttttattt-tttttcattgtttacag

upper sequence: GLYMA12G08930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0017g00680.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgttt----ttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag
 |||| |||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||| |||||||||||||||     |||   |   | | | ||||  ||    |   | |   |  |  || ||  ||||| |   |    | | ||||||  |||
CTTCTCAAAGAAGATGCCTCCCCCTGCATTTTTGGTTCAATTGAGAAGCAGAGATGGTCCTATGCCTGTGCAAAGCAATTAATTGAGAGGTTGATTTATGgtgagtcaacttttccatcaatctggatgtttcttaacatgcatctgtctcatagatctttctaattttttttttattattattatttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19936465|gb|BQ080876.1|BQ080876
EST:     GTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|193344757|gb|FK313245.1|FK313245
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTTGTAGGGTGCTAGAAAATGGCTTG
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCT-G-AGGGTGCT-GAAAATGGCTTG
EST: gi|21677201|gb|BQ629552.1|BQ629552
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120529417|gb|EH257551.1|EH257551
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|7588807|gb|AW704595.1|AW704595
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|11687703|gb|BF595379.1|BF595379
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|14259260|gb|BG882168.1|BG882168
EST:     CTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: CTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|11411657|gb|BF423668.1|BF423668
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|207756148|gb|GD727047.1|GD727047
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|6069760|gb|AW099378.1|AW099378
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120533375|gb|EH261508.1|EH261508
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|120533338|gb|EH261471.1|EH261471
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|15204360|gb|BI427128.1|BI427128
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|23057703|gb|BU578258.1|BU578258
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|21887853|gb|BQ741066.1|BQ741066
EST:     AGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: AGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|10233113|gb|BE802058.1|BE802058
EST:     GAAGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGANGGTGCTGAAAATGGCTTGGAG
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAG
EST: gi|6069764|gb|AW099380.1|AW099380
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|13787882|gb|BG650474.1|BG650474
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|20448618|gb|BQ252742.1|BQ252742
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|24135586|gb|BU926096.1|BU926096
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCT
EST: gi|254313743|gb|GR831372.1|GR831372
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
EST: gi|26047224|gb|CA784089.1|CA784089
EST:     GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT
genomic: GAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttg ... ttattggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAGTTCACAATTGTGAGGCCTTTTAACT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTTAAAGAAGACGAGTCTCCTTGCATTTTTGGTTCTATTGAAAAACAGAGGTGGTCTTATGCCTGTGCGAAACAGTTGATTGAGAGGCTGATTTATGgtgagttttgatttgtttttgtttaggtgttgtttttttttttctttttcaattttgttaattctcactgatgtgtgattattggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT