Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgctttggcgctgttaatgttgttcaaaaaatgctgcttatacatggtgggtgtggcaagtagtttcctgcttaaatgtctgttttcaatgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGGCACTGCAGCAGAAGTTTGGGTTACAGCAAATCGATGTCCCCGTCGTAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G141399_T02
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G141399_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os08g09230.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
--atgctttggcgctgttaatgttgttca-aaaaatgc-tgcttatacatggtgggtgtggcaagtagtttcc-tgcttaaatgtctgttttcaatgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGGCACTGCAGCAGAAGTTTGGGTTACAGCAAATCGATGTCCCCGTCGTAG
   ||   |     ||| | | |||       ||||||   || || |        ||   |||  | ||| | || ||   ||  | ||| ||     | |||| | || || |||| ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||  | ||||| |  ||||||||| | || |
agttgtcctaata-tgtaattattgaaagtgcaaatgcacactgatgccacagtattgccccaaacatttttcatgttt---tgcttattt-catcctatgtcagATGCATTATACTTCTGAAAATGTGGTTGAAGGCAAGAATGCTGCAAAGAGAGCATTGCAGCAGAGGTTTGGACTGCAGCAGACTGATGTCCCCATTGTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31361027|gb|CD445384.1|CD445384
EST:     ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG                         GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: gi|31357767|gb|CD442124.1|CD442124
EST:     ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG                         GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: gi|67022688|gb|CO451437.1|CO451437
EST:     GGGATTGATCCAGATATATGGGATCCCCGTACA-TGACA-CTTTATCCCN                         GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGNTTGAA
genomic: GGAATTGATCCAGATATATGGGATCC--GTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGG-TTGAA
EST: gi|37419287|gb|CF647322.1|CF647322
EST:     ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG                         GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
EST: gi|24769423|gb|CA404552.1|CA404552
EST:     ATGGAATTGATCCGGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCG                         GTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG
genomic: ATGGAATTGATCCAGATATATGGGATCCGTACAATGACAACTTTATCCCGgtacacttta ... tgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgggtgtggcaagtagtttcctgcttaaatgtctgttttcaatgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGGCACTGCAGCAGAAGTTTGGGTTACAGCAAATCGATGTCCCCGTCGTAG
                           ttaaatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgctttggcgctgttaatgttgttcaaaaaatgctgcttatacatggtgggtgtggcaagtagtttcctgcttaaatgtctgttttcaatgagtttcagGTCCACTACACTTGTGAGAATGTGGTTGAAGGCAAGAGGGCTGCTAAGAGGGCACTGCAGCAGAAGTTTGGGTTACAGCAAATCGATGTCCCCGTCGTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT