1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ccctatttctctagtacaataatataagtgagtttgtcctgcctacattcacgttgaaaaaagtggaaagtcatgccttggctgatatcttttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTGGTGAGCCAGGGATTGCCAGCGTTGTGGAGAAGGACCAGTCTCATTCTC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S93_73V6.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|67727802|gb|BJ978061.1|BJ978061
genomic: TCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTC-TAGCTCAG ATGAACCCC-GGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|67723608|gb|BJ973867.1|BJ973867
genomic: TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGTTCAGCAGTATNGTGACCAGATTGGTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162227601|gb|FC402308.1|FC402308
genomic: TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162188197|gb|FC363963.1|FC363963
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162174832|gb|FC351624.1|FC351624
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: AGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162187793|gb|FC364172.1|FC364172
genomic: AGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|208362837|gb|DC950637.1|DC950637
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|208369244|gb|DC944561.1|DC944561
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGG-TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATNG-TGAGATGCT-TTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162231957|gb|FC409031.1|FC409031
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCEST: gi|161982347|gb|EE296254.1|EE296254
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGC
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162162646|gb|FC338948.1|FC338948
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162180470|gb|FC356112.1|FC356112
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|37825584|gb|BJ583650.1|BJ583650
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTNTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|37850428|gb|BJ608436.1|BJ608436
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCEST: gi|67726749|gb|BJ977008.1|BJ977008
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAA-GTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGC
EST: GGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|208395260|gb|DC916069.1|DC916069
genomic: -GGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: T-GNTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|208375136|gb|DC944861.1|DC944861
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162262898|gb|FC439291.1|FC439291
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTEST: gi|162164608|gb|FC341903.1|FC341903
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTEST: gi|162166829|gb|FC343006.1|FC343006
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
cattcacgttgaaaaaagtggaaagtcatgccttggctgatatcttttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTGGTGAGCCAGGGATTGCCAGCGTTGTGGAGAAGGACCAGTCTCATTCTC
ggctgat putative branch site (score: 4)
tcttttact CT-rich tract
atatctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccctatttctctagtacaataatataagtgagtttgtcctgcctacattcacgttgaaaaaagtggaaagtcatgccttggctgatatcttttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTGGTGAGCCAGGGATTGCCAGCGTTGTGGAGAAGGACCAGTCTCATTCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA