Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcactctctcattctctctacacttagaattatataattggggaacaatttatgttacttatgatagtctcattttgtcttcaatggatttgcatgtcctcaaggcagaaaacatttgaagtggtagaatagtttttatatgaaaaattctctttttaattgctattgatacttcgcagGAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGTGGGTCGTCTTAGAGTGCACGGTGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35310.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193558072|gb|FK514849.1|FK514849
EST:     ACCAACAATTCCAG                         GAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT
genomic: ACCAACAATTCCAGgcactctctc ... tacttcgcagGAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT
EST: gi|213607665|gb|DB958684.1|DB958684
EST:     ATTATACCACCAACTCACATCCACCTCTCATCAATTACCAACAATTCCAG                         GAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT
genomic: ATTATACCACCAACTCACATCCACCTCTCATCAATTACCAACAATTCCAGgcactctctc ... tacttcgcagGAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT
EST: gi|209723742|gb|BW657724.1|BW657724
EST:     ATTATACCACCAACTCACATCCACCTCTCATCAATTACCAACAATTCCAG                         GAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT
genomic: ATTATACCACCAACTCACATCCACCTCTCATCAATTACCAACAATTCCAGgcactctctc ... tacttcgcagGAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagaatagtttttatatgaaaaattctctttttaattgctattgatacttcgcagGAGGTTTATGCCGTGCCACTTCAGCTGGATCAGATCTTCAGCATTACACGTGGGTCGTCTTAGAGTGCACGGTGAAG
                                       tattgat  putative branch site (score: 3)
        tttttatatgaaaaat  TA-rich tract