1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gtgggaacagggctggtgttcagggaggggaagagagtaccatggctggtgtgtaggtttgggggcttcattgctgtggcgtgacatgtgcggagctgctggcagttgagttgcactcaagtgggaaacaaggcataactaacatttctgtgcggcctgtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGCACGCCCCTGGAGGAGCTGGAGGTGACCATCAG
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO98211 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAG GAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGCEST: gi|16432965|gb|BI998191.1|BI998191
genomic: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAGgtgggaacag ... gtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGC
EST: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAG GAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGCEST: gi|15697032|gb|BI721337.1|BI721337
genomic: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAGgtgggaacag ... gtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGC
EST: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAG GAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGC
genomic: TGCCCCCTGAGGACTTTCCCTCTATGCTGGAGCGCTACGACCCTGCTAAGgtgggaacag ... gtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGC
cactcaagtgggaaacaaggcataactaacatttctgtgcggcctgtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGCACGCCCCTGGAGGAGCTGGAGGTGACCATCAG
aactaac putative branch site (score: 1)
ataactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgggaacagggctggtgttcagggaggggaagagagtaccatggctggtgtgtaggtttgggggcttcattgctgtggcgtgacatgtgcggagctgctggcagttgagttgcactcaagtgggaaacaaggcataactaacatttctgtgcggcctgtgtacgtagGAGTTCTTCTTCCGTGCTATGTTTGATGTGGCGCCACCAGTGGTGTGGCGCACGCCCCTGGAGGAGCTGGAGGTGACCATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG