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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaccccctttccttttttctttgcttacacgttgttacatatttaatgtcaaatactttggaataggtgtgcaggatacatcaatgagtttctttgtctctttccctagctatctttattgactgcattccatgctaactatattagcttctttttttatatatataatggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G50590.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 21
lower sequence: LOC_Os09g24260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 19
gttaccccctttccttttttctttgcttacacgttgttacatatttaatgtcaaatactttggaataggtgtgcaggatacatcaatgagtttctttgtctctttccctagctatctttattgactgcattccatgctaactatattagcttctttttttatatatataatggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT
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----------------------------------------------------------------------------tctttttcttcaaagcatgttgtttctt--cctacctactgcagaagggttaatagatggatcatcatattctgatgcttgtattggtttgcgttta-tacagGTTTGATAGTTTACGTGTCACTCCAAGGTCACTGGACATATTAGCTAAAGGACCCCCTGTTTGTGGAGATCTTGCTGTATCACTATCCCAAGCAGGCCCT

upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 21
lower sequence: GLYMA17G20310.1 (Glycine max), 3'ss of exon 20
gttaccccctttccttttttctttgcttacacgttgttacatatttaatgtcaaatactttggaataggtgtgcaggatacatcaatgagtttctttgtctctttccctagctatctttattgactgcattccatgctaactatattagcttctttttttatatatataatggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT
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-----------------------------------------------------------------------tattgggtataaaagccaggtt----gtagacttcaagaacacttttaataaaattatattaaagctggtaatgctgacac---tgtaaatttttatc-tgagtgaagGTTTGACAGCTTGCGCATAACACCAAGGTCTCTGGATATTCTTGCTAGAGGATCTCCTGTTTGTGGAGATTTAGCTGTGGCTTTATCACAATCAGGTCCA

upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 21
lower sequence: Vv00s1501g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gttaccccctttccttttttctttgctta-cacgttgttacat-----atttaatgtcaaatac-tttggaataggtgtgcaggatacatcaatgagtttctttgt-ctctttccctagctatctttattgactgcattccatgc-taactatattagcttctttttttatatatataat-ggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT
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gtggtcttctttctgcctatataggtttggttttttgtggcatgcagaacttcattttatgaacatttcacctctggatgctctataagatataggattttggtgttctttctttccattttgccatattaaaatggttccatgcatgaaagtagtgacaactgacttgtaaggcttatccaaatgaagGTTTGATAGCTTGCGTATTACTCCGAGGTCTCTTGATATTCTTGGTAGAGGCCCTCCTGTTTGTGGAGATCTAGCTGTGTCATTATCCCAAGCAAGTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcattccatgctaactatattagcttctttttttatatatataatggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT
          tgctaac  putative branch site (score: 1)
             taactatattagcttc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttaccccctttccttttttctttgcttacacgttgttacatatttaatgtcaaatactttggaataggtgtgcaggatacatcaatgagtttctttgtctctttccctagctatctttattgactgcattccatgctaactatattagcttctttttttatatatataatggctgcagGTTTGATAGCTTGCGAATTACTCCAAGATCTCTTGATATTCTTGCTAGAAGCGCTCCAGTATGTGGAGATCTTGCTGTATCACTAGCTCAAGCAGGCCCT

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