Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCTACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATAAGTACACCATACGCAGgtaagtagatcttgattctctatatgcttaaggtgattttactgtatttcattctcttaaatttatcctcttcaacgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G50590.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 20
lower sequence: GLYMA01G39110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
GTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCTACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATAAGTACACCATACGCAGgtaa---------gtagatcttgat-tctctatatgcttaaggtgattttactgtatttcattctcttaaatt-tatcctcttcaacgcag---------
||||| |||||| | || ||||||||  | |||||  |  || |||||||||||||||| |||||||||||||| || || |  |||   || || ||||||||         | |    | ||| || | ||||  |   | |   ||   ||  ||   || ||| || |  |||  |  |  |   |          
GTTGGCCCTGCCCTTCTTTTTTCTACTGCCACTGCAATTAGTATACTTGGCTGGGATGGAAAAGTGAGGACTATACTGTCAACTAGTGTGCCTTATGCAGgtaatttcttactgcatgcttggatatcacaatatcttagcgatctgttctgtggtttctgttttctcaactaatatattacttgagatatgaggaaaag