Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgcggattttgatatattggcaagcagttcaacgaaatatgatagaggcttaccatcaatatcctgattaaactatctttcttccctttcaatcatgtgcattatatgctaacactttttagatgcatgctcattgactattgaaaatccttaacttatgcgtactttagATCTCTTCTATGGGTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCTACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATAAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G50590.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 19
lower sequence: GLYMA01G39110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 18
gtctgcggattttgatatattggcaagcagttcaacgaaatatgatagaggcttaccatcaatatcctgattaaactatctttcttccctttcaatcatgtgcattatatgctaacactttttagatgcatgctcattgactattgaaaatccttaacttatgcgtactttagATCTCTTCTATGGGTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCTACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATAAGT
                                             |  |  ||   |   | |       | | ||| ||      ||   |||  || |   |  |||   |  ||  ||| || || ||      |   | || ||   |||||||| |||| ||||||||||| ||  |||||||||| |||||| | || ||||||||  | |||||  |  || |||||||||||||||| |||||||||||||| || || |  |||
--------------------------------------------gttcactctattctctatttctaccttcagactttccaca--cctactcagccaagaa-accataaattt-catatttcagttggatatattctcgtttttaaag--ccttaactgatgcctactttagATCACTCTTATGGGTTGGCCCTGCCCTTCTTTTTTCTACTGCCACTGCAATTAGTATACTTGGCTGGGATGGAAAAGTGAGGACTATACTGTCAACTAGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttagatgcatgctcattgactattgaaaatccttaacttatgcgtactttagATCTCTTCTATGGGTTGGGCCTGCCTTACTCTTTTCTACAACAACTGCTGTATGTTTACTTGGCTGGGATGGGAAAGTGAGGACTATTCTTTCCATAAGT
                                 ccttaac  putative branch site (score: 3)
                       tattgaaaat  TA-rich tract