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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaatcttgaacactaatgttattcaaacataacaattgatactcttcttaagctgtatggatgtgtctcttgagagtaaccaatcctctgttaatagtatgggttgtgggttcgaccagagtcgttcgtatcaatatccggctttctaacatgtgagatgattaacagCTTCTGTTCTAAAGGAAAAGCTTTCGTCTATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTTCAAGCTCTGCTACAGGAGCACAAGGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G50590.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv00s0379g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgaatcttgaacactaatgttattcaaacataacaattgatactcttcttaagctgtatggatgtgtctcttgagagtaaccaatcctctgttaatagtatgggttgtgggttcgaccagagtcgttcgtatcaatatccggctttctaacatgtgagatgattaacagCTTCTGTTCTAAAGGAAAAGCTTTCGTCTATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTTCAAGCTCTGCTACAGGAGCACAAGGG------
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---------------------------------------------------------------tttttccattagctatgctcccatgttcttcgat--tatatgttttgattaaaaaaaaatttatttg----attagatgatatgctatggta-atggcattttgcagCATCTATTTTAAAGGAAAAACTTTCATCCTTGGGTTCATCTGGAATTTTAGCTGACCATCAACTTCAGGCGCAATTGCAAGAACATCATTTGAAAGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaccagagtcgttcgtatcaatatccggctttctaacatgtgagatgattaacagCTTCTGTTCTAAAGGAAAAGCTTTCGTCTATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTTCAAGCTCTGCTACAGGAGCACAAGGG
                              ttctaac  putative branch site (score: 1)
               tatcaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgaatcttgaacactaatgttattcaaacataacaattgatactcttcttaagctgtatggatgtgtctcttgagagtaaccaatcctctgttaatagtatgggttgtgggttcgaccagagtcgttcgtatcaatatccggctttctaacatgtgagatgattaacagCTTCTGTTCTAAAGGAAAAGCTTTCGTCTATGGGTTCCTCTGGAATTTTAGCCGAGCATCAACTTCAAGCTCTGCTACAGGAGCACAAGGG

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