Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtgatcattatatatttctgtatctgggattttgtttttattgacgatggtgaagtgggtgacaagttgtttttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g02460.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g40950.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatggtgatcattatatatttctgtatctgggattttgtttttattgacgat--ggtgaagtgggtgacaagttgtt--tttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA
  ||||   |  ||| |||| | || || |    |||  | |  | ||   ||    | |  | |   |   | || |   ||  |||   |||      ||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||   ||||
-aatggcccttcttaaatatctgtg-attttccttttcatctgaagtgtgaatccaatcatctagacaatgcggtgataacttttttttcaatttcc---tgcagACATACATGTTCAAGTATGACACTGTGCACGGCCAGTGGAAGCATCATGAGGTTAAGGTGAAGGACTCCAAGACCCTTCTCTTCGGTGAGAAGGAGGTCA

upper sequence: Vv01s0010g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g38920.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtatggtgatcat---tatatatttctgtatctgggattttgtttt-tattgacgatggtgaagtgggtgacaagttgttt-ttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA
   ||| | || |   || |        | ||   |||  |      |  | |   ||||    |  ||   |  |  |   ||||  |||  ||| |   ||||||| |||||||||||||||||||  || || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||  |||||||   |||    ||  
---tggcgttcctacctacaagacctgatttccttgatagtacagaatgctaattttggtttgatctgttgtatatgctaaattggactgtcgttgcg---tgcagACATACATGTTCAAGTATGACACCGTCCACGGCCAGTGGAAGCATCATGAGGTCAAGGTCAAGGACTCCAAGACCCTCATCTTTGGCACGAAAGAGGTTG

upper sequence: Vv01s0010g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G071630_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatggtgatcattatatatttctgtatctgggattttgtttttattgacgatggtgaagtgggtgacaagttgttt--ttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA
| |   |||| | | || ||| |   |  | || | |  | |   |||   | |   || |||||      || | |   ||  ||    || |  | ||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || || |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||  
gcaaattgattagt-taaattacaccaattagg-tctcctgtaacttggttacgcc-aactgggtcttctcttatatgactgaatttgactttgctattgcagACCTACATGTTCAAGTATGACACTGTGCACGGACAGTGGAAGCACCATGAGGTCAAGGTGAAGGACTCCAAGACCCTTCTCTTTGGTGAGAAGGAGGTTG

upper sequence: Vv01s0010g02460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G176307_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtatggtgatcattatatatttc---tgtatctgggattttgtttttattgacgatggtgaagtgggtgacaagttgtttttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA
        | |||| ||| |  |   |  ||  |  |  ||      |||     |  ||   |   |   | | |   | ||| ||    || |  | ||||||| |||||||||||||| |||| ||| || || || |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||   ||  
----atcaaacattgtatttggcaagttgattagtcaaattacaccaatttggtcttctgtcttctattgtacgattaatatgggtttgactttgctattgcagACCTACATGTTCAAGTACGACACTGTACACGGACAGTGGAAGCACCATGAAGTCAAGGTGAAGGACTCCAAAACCCTTCTCTTTGGTGAGAAGGAGGTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33406621|gb|CF212248.1|CF212248
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161710455|gb|FC059346.1|FC059346
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCATTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161706852|gb|FC055537.1|FC055537
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110701389|gb|EE078905.1|EE078905
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161710748|gb|FC060307.1|FC060307
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110697161|gb|EE073909.1|EE073909
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161721814|gb|FC070505.1|FC070505
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161716699|gb|FC065571.1|FC065571
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161708621|gb|FC058356.1|FC058356
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTACAAGTATGACAGTGTACATGGCCACTGGAAACATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110687944|gb|EE065928.1|EE065928
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110373445|gb|EC937683.1|EC937683
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161709828|gb|FC059319.1|FC059319
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161713863|gb|FC062559.1|FC062559
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110707375|gb|EE083731.1|EE083731
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161708112|gb|FC055727.1|FC055727
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161718038|gb|FC067580.1|FC067580
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161707334|gb|FC055164.1|FC055164
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|71857565|gb|DT006620.1|DT006620
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161712390|gb|FC061695.1|FC061695
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161715330|gb|FC065818.1|FC065818
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|110688396|gb|EE066900.1|EE066900
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161719339|gb|FC068279.1|FC068279
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161720005|gb|FC067735.1|FC067735
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
EST: gi|161708879|gb|FC060092.1|FC060092
EST:     ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATG                         ACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT
genomic: ATGTGGAACTGGTGGCTGTAAATGATCCATTCATCACTACTGATTACATGgtatggtgat ... ggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgacgatggtgaagtgggtgacaagttgtttttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA
 tattgac  putative branch site (score: 2)
                         ttgttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggtgatcattatatatttctgtatctgggattttgtttttattgacgatggtgaagtgggtgacaagttgtttttggtttgtgattgggaaatgcagACTTACATGTTCAAGTATGACAGTGTTCATGGCCACTGGAAGCATCATGATGTTAAGGTTAAGGATTCCAAGACACTTCTCTTTGGTGAGAAGTCTGTCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT