Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGGAGTCTGAAGGCAAACTCAAGGGAATCCTGGGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagattgttgatcctctttgttttaacttttaagctgtttctaacaggccatagactttatacatatggcatagctgatggttttgtgtatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g02460.t01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110703819|gb|EE080998.1|EE080998
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|110384047|gb|EC948461.1|EC948461
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|30302893|gb|CB979687.1|CB979687
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|110363529|gb|EC927123.1|EC927123
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|71886922|gb|DT035977.1|DT035977
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|30134770|gb|CB920108.1|CB920108
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCANGCATCTNTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGA
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGA
EST: gi|110707438|gb|EE083837.1|EE083837
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
EST: gi|110371235|gb|EC935092.1|EC935092
EST:     GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAG                         ATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT
genomic: GGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagatt ... gtgtatgcagATCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGAATTGCCCTGAATGCCAATTTTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAGGAGTCTGAAGGCAAACTCAAGGGAATCCTGGGGTACACTGAAGATGATGTGGTGTCCACAGACTTCATTGGTGACAGCAGgtgaaagattgttgatcctctttgttttaacttttaagctgtttctaacaggccatagactttatacatatggcatagctgatggttttgtgtatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG