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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttctaaatatttgacatgtttttacaagatactaaccagttctttctgataagacattcagcgagtgggttctaatgtggttcgaagctttcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAATGTTAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S398_15V6.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162163341|gb|FC339667.1|FC339667
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162258983|gb|FC435926.1|FC435926
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162178870|gb|FC354802.1|FC354802
EST:     TA-TTTGCTCC-TTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162187284|gb|FC363234.1|FC363234
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162156880|gb|FC333034.1|FC333034
EST:     TATTTTGCTCC-TTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162257810|gb|FC434008.1|FC434008
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162258982|gb|FC435925.1|FC435925
EST:     TTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|67723995|gb|BJ974254.1|BJ974254
EST:     TATTTTGCTCCNTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162267683|gb|FC443465.1|FC443465
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162255647|gb|FC431645.1|FC431645
EST:     TCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162156881|gb|FC333035.1|FC333035
EST:     TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TATTTTGCTCCTTTTAAAGGATTCTACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|162267682|gb|FC443464.1|FC443464
EST:     TTCAGTGGTGATGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
genomic: TTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAA
EST: gi|67695932|gb|BJ956165.1|BJ956165
EST:     TACTTCAGTGGTGANGGATGCCGCAG                         AGATAAAGATNGTTNCTATTGGTTGACAGGNACGAGTNGNCGATGTCATCA
genomic: TACTTCAGTGGTGATGGATGCCGCAGgttagaatct ... tcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGG-ACGAGTCGACGATGTCATCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgataagacattcagcgagtgggttctaatgtggttcgaagctttcgcgtgtagAGATAAAGATGGTTACTATTGGTTGACAGGACGAGTCGACGATGTCATCAATGTTAG
                        ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                          ctttcgc  putative PPT
                        ttctaat  TA-rich tract