Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTACCCCGCAACCAGGCGCTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtgcagcttgatattgaaatttgttatttttaacaagcgtaatactatgtcttgaaccaaaatctgcatgtctgagagcagaagaatgccgtt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S398_15V6.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162258983|gb|FC435926.1|FC435926
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
EST: gi|162163342|gb|FC339668.1|FC339668
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTGGTAGACGATAATGCTCA
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCA
EST: gi|162267683|gb|FC443465.1|FC443465
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
EST: gi|162255648|gb|FC431646.1|FC431646
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
EST: gi|162156881|gb|FC333035.1|FC333035
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTGGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
EST: gi|162257811|gb|FC434009.1|FC434009
EST:     CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAG                         CCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT
genomic: CTTGGGCTCTTAAACCTGGATCTGCTACCTTACCCTTCTTTGGTGTCCAGgtgcgatgtg ... tcacctgcagCCTGCTGTAGTAGACGATAATGCTCAAGAACAGTCTGGAGAATGTAGTGGT