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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttctcacagttgctttgttttgtatgaatgtatgtttatggatatggaataacttttggaggaattcttagatgcagttgggtttttactcta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208282681|gb|GE075963.1|GE075963
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EST: gi|193307477|gb|FK272479.1|FK272479
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genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208285042|gb|GE086976.1|GE086976
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGGCC
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGGCC
EST: gi|193437364|gb|FK401313.1|FK401313
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|208174782|gb|GD972901.1|GD972901
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193315966|gb|FK280688.1|FK280688
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EST: gi|193471485|gb|FK436586.1|FK436586
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193500921|gb|FK464144.1|FK464144
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|207768095|gb|GD739429.1|GD739429
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193367951|gb|FK333015.1|FK333015
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCTATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193675992|gb|FK617822.1|FK617822
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EST: gi|193389247|gb|FK356344.1|FK356344
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EST: gi|193617376|gb|FK566572.1|FK566572
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EST: gi|193514255|gb|FK470571.1|FK470571
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EST: gi|207844421|gb|GD814466.1|GD814466
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EST: gi|207785054|gb|GD755571.1|GD755571
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EST: gi|207827404|gb|GD797939.1|GD797939
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EST: gi|208332542|gb|GE128695.1|GE128695
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EST: gi|208215801|gb|GE013805.1|GE013805
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EST: gi|208300666|gb|GE100613.1|GE100613
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EST: gi|208286022|gb|GE084694.1|GE084694
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193351944|gb|FK317569.1|FK317569
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EST: gi|193689440|gb|FK630517.1|FK630517
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EST: gi|208320386|gb|GE122975.1|GE122975
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EST: gi|193617358|gb|FK566568.1|FK566568
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EST: gi|208067511|gb|GD865375.1|GD865375
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EST: gi|207823440|gb|GD794087.1|GD794087
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EST: gi|193400215|gb|FK367870.1|FK367870
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EST: gi|193523531|gb|FK478336.1|FK478336
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EST: gi|193361571|gb|FK324353.1|FK324353
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EST: gi|193555313|gb|FK511012.1|FK511012
EST:     TAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCCCTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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EST: gi|193428487|gb|FK396711.1|FK396711
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genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208044866|gb|GD840128.1|GD840128
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|193496059|gb|FK458177.1|FK458177
EST:     ATAATTGGTTCCAGT-GTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|207682906|gb|GD665375.1|GD665375
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATACCTGAAGGAGG
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EST: gi|208134952|gb|GD926627.1|GD926627
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EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTA
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTA
EST: gi|207827087|gb|GD799904.1|GD799904
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAGCACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
EST: gi|208104448|gb|GD906357.1|GD906357
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGGCC
genomic: ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGGgtaagtgttc ... ccttttgcagTGCTAGAGACACTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGGCC
EST: gi|207785344|gb|GD759095.1|GD759095
EST:     ATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG                         TGCTAGAGACGCTATTGTGCTCACTTTGAGATTATTCATCCTGAGGAGG
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