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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcattccctgagatactttgaaaactgttgtgtatttagaagacgtgatcttgagtggttagctaatttttagatatcccttttgcatttacttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208282681|gb|GE075963.1|GE075963
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EST: gi|193307477|gb|FK272479.1|FK272479
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EST: gi|208285042|gb|GE086976.1|GE086976
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EST: gi|193437364|gb|FK401313.1|FK401313
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EST: gi|208174782|gb|GD972901.1|GD972901
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EST: gi|193471485|gb|FK436586.1|FK436586
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EST: gi|193500921|gb|FK464144.1|FK464144
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EST: gi|193389247|gb|FK356344.1|FK356344
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EST: gi|193318944|gb|FK285878.1|FK285878
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EST: gi|207785054|gb|GD755571.1|GD755571
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EST: gi|208332542|gb|GE128695.1|GE128695
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EST: gi|208123429|gb|GD924065.1|GD924065
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EST: gi|208300666|gb|GE100613.1|GE100613
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EST: gi|208286022|gb|GE084694.1|GE084694
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EST: gi|193370701|gb|FK334141.1|FK334141
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EST: gi|207758215|gb|GD727267.1|GD727267
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EST: gi|207790246|gb|GD762279.1|GD762279
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EST: gi|207682906|gb|GD665375.1|GD665375
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EST: gi|207827087|gb|GD799904.1|GD799904
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EST: gi|208104448|gb|GD906357.1|GD906357
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EST: gi|51335985|gb|CO979851.1|CO979851
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EST:     AAGTGGAGTTGTAATCACAG-AAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
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EST:     GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACT                         GTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT
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genomic: GTGGACAAAGTGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACTgtaagatgtt ... acttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgatcttgagtggttagctaatttttagatatcccttttgcatttacttctgtagGTTATGATTCCATATGGACATACTTCAGAGTTTATTATAATTGGTTCCAGTGGTGATGAACACCTTTTAAAGACAGATTTCAGTGG
               agctaat  putative branch site (score: 3)
                                          tttacttct  putative PPT
                  taatttttagatat  TA-rich tract