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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcatattgtgattttgtcccttttccttgatatgcttaaataaattctaaatagttgcatttttttatcagAATAAAAATGGCCTTGAACTGGTACCTCAGCATATGTACTCTCAAGTAAAGCCTCAGGTCTCTGTTGATGCTCAGGCAGGCACTGAACCGGATCTATTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G35770.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8670390|gb|BE191497.1|BE191497
EST:     TTGCCACACAATCACAACCTCACTCGATTGGTGCACCTTTGACAACTTCA                         AATAAAAATGGCCTTGAACTGGTACCTCAGCATATGTACTCTCAAGTAAAG
genomic: TTGCCACACAATCACAACCTCACTCGATTGGTGCACCTTTGACAACTTCAgtatgttcat ... tttttatcagAATAAAAATGGCCTTGAACTGGTACCTCAGCATATGTACTCTCAAGTAAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccttttccttgatatgcttaaataaattctaaatagttgcatttttttatcagAATAAAAATGGCCTTGAACTGGTACCTCAGCATATGTACTCTCAAGTAAAGCCTCAGGTCTCTGTTGATGCTCAGGCAGGCACTGAACCGGATCTATTGG
                            ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                                           tttttttatc  putative PPT
                   ttaaataaattctaaa  TA-rich tract