Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATGTTATCGAGAAGTGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctccttttcatctcttgttcaaagcttcagcttttccaaggctggtcatgttatataatttagtattagccgagggaggttaatttgtaacttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G32230.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G32230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g57390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
AAATGTTATCGAGAAGTGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctccttttcatctcttgttcaaagcttcagcttttccaaggctggtcatgttatataatttagtattagccgagggag---gttaatttg--taacttt-
 |||||| | ||||||||  |  | || ||||||||||| || || |||||| |  | |||||||||||||| ||  |||| |||||||| || |||||||||||     |||| |||   | | |  |  |  | | |||||     | |   | | ||    |||||  || || | |  |     ||||| ||  ||   || 
CAATGTTGTTGAGAAGTGCCTTTCCTTCGGTAGTCCTGAGGAGCGCCAGATTCTAATTAATGAAATGCTTGGCACAACTGACGAGAATGAGCCATTACAGgtatg-----ttttgatccagt-tacgtaagtgtatcgtttccgttcgtagaattttcatgagttttaggctttgctgtgataatatattaatatggttagtgttt

upper sequence: GLYMA20G32230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0019g04640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AAATGTTATCGAGAAGTGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatg---gctccttttcatctcttgttcaaagcttcagcttttccaaggctggtcatgttatataatttagtattagccgagggaggttaatttgtaacttt-
 |||||| | |||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||  | ||||||| ||||||||||||| |  ||||||| ||||| ||||| ||||| ||      | |  |    |||  ||||||   |    | ||   |   |  |  || ||   |||    || ||  |   || | | ||  | ||    | 
TAATGTTGTTGAGAAGTGTTTAACTTTTGGTGGTCCTGAAGAGCGTCAACTATTGGTGACTGAAATGCTTGGTTCCACTGATGAAAATGAGCCCTTGCAGgtttgcgcatccttgctttcttctaattcaaatactatattattttga---ttattttgataagcaatactatacta-tctttggtgctgaagatatattcctc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193715066|gb|FK649769.1|FK649769
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|31473731|gb|CD415759.1|CD415759
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|208253410|gb|GE051132.1|GE051132
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|27426832|gb|CA938352.1|CA938352
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATT
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATT
EST: gi|208251830|gb|GE045549.1|GE045549
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|193622417|gb|FK568183.1|FK568183
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|193382656|gb|FK345853.1|FK345853
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAACTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGTACTTCTGATGAGAATGAACCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTTGTGCAAAAGGTTCTTGAG