Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgattatggtcacctgattctacagtcatgcaactgggttgtattgtatcaattttcgtttacatgaatgtttagtgacattttcattgtatggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTTGATGTGGTTGGCCCTGTCTGTGAGTCTGCAGATTTCTTAGGAAAAGGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36580.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208142531|gb|GD934031.1|GD934031
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTCTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193418830|gb|FK382228.1|FK382228
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193344381|gb|FK311133.1|FK311133
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193325147|gb|FK290627.1|FK290627
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|209729664|gb|BW669764.1|BW669764
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193414132|gb|FK376166.1|FK376166
EST:     TTGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: -TGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|209700621|gb|BW670339.1|BW670339
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|207714375|gb|GD696428.1|GD696428
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTC
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|208311797|gb|GE106919.1|GE106919
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|31465431|gb|CD407459.1|CD407459
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193318299|gb|FK287501.1|FK287501
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|22928652|gb|BU545791.1|BU545791
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193398255|gb|FK363435.1|FK363435
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|209726659|gb|BW666578.1|BW666578
EST:     CCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: CCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|151407666|gb|EV277481.1|EV277481
EST:     CGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: CGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|192316336|gb|FK011681.1|FK011681
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|26060133|gb|CA803047.1|CA803047
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|214009020|gb|DB987099.1|DB987099
EST:     GCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTTCTCTGCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: GCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|17022163|gb|BM093197.1|BM093197
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTG
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTG
EST: gi|298188879|gb|HO035572.1|HO035572
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193386371|gb|FK350375.1|FK350375
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|209726442|gb|BW658049.1|BW658049
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|192333001|gb|FK024650.1|FK024650
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|192296879|gb|FG990240.1|FG990240
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193401326|gb|FK367539.1|FK367539
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|192317325|gb|FK010556.1|FK010556
EST:     CCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: CCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|151395109|gb|EV264980.1|EV264980
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|207778051|gb|GD747970.1|GD747970
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCCGTCAAATGCTGAAACNGAAACTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCC-GTCAAATGCTGAAACAGAAACTTT
EST: gi|209711753|gb|BW676892.1|BW676892
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|209711463|gb|BW665215.1|BW665215
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193423225|gb|FK389816.1|FK389816
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|193440892|gb|FK406409.1|FK406409
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|14999641|gb|BI320475.1|BI320475
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTT
EST: gi|208280160|gb|GE075458.1|GE075458
EST:     ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAG                         CATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAAACAGAAAACTT
genomic: ATGGAAGTATGGCTGAACTTATCCGCCCTAGTCTTTATGATGCTTACCAGgtaaatgtta ... atggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAA-CAGAAA-CTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatcaattttcgtttacatgaatgtttagtgacattttcattgtatggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTTGATGTGGTTGGCCCTGTCTGTGAGTCTGCAGATTTCTTAGGAAAAGGAA
                                  attttcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgattatggtcacctgattctacagtcatgcaactgggttgtattgtatcaattttcgtttacatgaatgtttagtgacattttcattgtatggttgcagCATATAGAGCTGGTTTCCCCTGCCCCGTCAAATGCTGAAACAGAAACTTTTGATGTGGTTGGCCCTGTCTGTGAGTCTGCAGATTTCTTAGGAAAAGGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - cacctga
- - - - - - - - - - - - -tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgggttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgaat