Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGATTTTGGAACATTTGAGGCACTTGGGTTGTGGTGCTGTGCTTGTTAGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36580.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT5G11880.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
TGAAGATTTTGGAACATTTGAGGCACTTGGGTTGTGGTGCTGTGCTTGTTAGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatag
| ||||||||||| |||||||||   ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||| | | | |||||||  ||||| || |||||||||| ||   ||  | |  | | |   || || |      |||  |  ||||| |  ||  |  ||||||| |  |  |||||||    |    | | |  ||||     |  ||   ||                         
TCAAGATTTTGGAGCATTTGAGGAGTTTGGGCTGTGGTGCTGTGTTGGTTAGTGGAAATGAGCTCAGGCTTGCTCTTCTTGCTGGTTTCGATCCCACAAAgtacgattctttatccccaataataaagt------ttgaatatttttttatttg-gtctcatgttgatgtgtagtttttgaccatgtcttcggtgtggat-----gaaatgaatag------------------------

upper sequence: GLYMA19G36580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G14390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
TGAAGATTTTGGAACATTTGAGGCACTTGGGTTGTGGTGCTGTGCTTGTTAGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatag
| || |||||||| ||||||||    || || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |   | |||||||| ||||| || |||||||||| |  ||| | | |   |  |||||| | |    |   | || | |      | |  | | |||    | |  |    | | |   |||| |  |  |     | |||  ||   |  | | |||| | ||   ||||||||
TTAAAATTTTGGAGCATTTGAGAAGTTTAGGCTGTGGTGCTGTGCTCGTTAGTGGAAATGAGCTTAGACTTGCTCTTCGTGCTGGTTTCGATCCCACAAAg--taacattctttatttacccattattgccctgtatctgatttagagagctttaacttcatccc-tataacaaagtgtttgacttgt-tgatggaatcagtattgatatgaatggtatgatttggtgtaaaatgaatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316337|gb|FK011682.1|FK011682
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|207710562|gb|GD691246.1|GD691246
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209726441|gb|BW658048.1|BW658048
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209713213|gb|BW681748.1|BW681748
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCCTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
EST: gi|19268834|gb|BM885090.1|BM885090
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGACTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|26057499|gb|CA800413.1|CA800413
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGGCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|22523900|gb|BU082711.1|BU082711
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTG
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTG
EST: gi|7691795|gb|AW759916.1|AW759916
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATGTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209726658|gb|BW666577.1|BW666577
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCT
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCT
EST: gi|209729663|gb|BW669763.1|BW669763
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAA                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
EST: gi|207832188|gb|GD803068.1|GD803068
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|213587946|gb|DB971435.1|DB971435
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA-TCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|26269224|gb|CA820287.1|CA820287
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAA
EST: gi|193723463|gb|FK657143.1|FK657143
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209711462|gb|BW665214.1|BW665214
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGA
EST: gi|6454757|gb|AW185440.1|AW185440
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|192317324|gb|FK010555.1|FK010555
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGAAGATTTTGGAACATTTGAGGCACTTGGGTTGTGGTGCTGTGCTTGTTAGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG