Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGCTCAGGAAGGTGTGTTTGTCAACATTGATAGTGAGTTTGACTTGGAAAAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G36580.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G36580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT5G11880.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
gtttaataatgtcactcaacccatgaatttgtttgttgtgttctttttcacctgcattgcatgttgtttggctgtttttgtattttgtgt--tgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGCTCAGGAAGGTGTGTTTGTCAACATTGATAGTGAGTTTGACTTGGAAAAC
                                     ||    || || | |  || |  ||   |||||  | ||||| ||||| || |  |||| | |  |  || |    | |    |   | ||| |   |||||||||||||| || ||||| ||||| ||    ||||| ||||| ||  | |||||||| |||||||| || || ||  |||||||||||||||||||| | |||
-------------------------------------gtacgattctttatccccaata-ataaagtttgaatatttttttatttggtctcatgttgatgtgtagtttttgaccatgtcttcggtgtggatgaaatgaatagGTGTATTTTCAATGGAAATGGAAAGTCTTTGGAAGATTTAGTTCTAGCTGCTCAAGAAGGTGTTTTCGTAAATGTTGATAGTGAGTTTGACTTGAATAAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316337|gb|FK011682.1|FK011682
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|207710562|gb|GD691246.1|GD691246
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209726441|gb|BW658048.1|BW658048
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209713213|gb|BW681748.1|BW681748
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCCTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
EST: gi|19268834|gb|BM885090.1|BM885090
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGACTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|26057499|gb|CA800413.1|CA800413
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGGCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|22523900|gb|BU082711.1|BU082711
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTG
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTG
EST: gi|7691795|gb|AW759916.1|AW759916
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATGTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209726658|gb|BW666577.1|BW666577
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCT
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCT
EST: gi|209729663|gb|BW669763.1|BW669763
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAA                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA
EST: gi|207832188|gb|GD803068.1|GD803068
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|213587946|gb|DB971435.1|DB971435
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAA-TCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|26269224|gb|CA820287.1|CA820287
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAA
EST: gi|193723463|gb|FK657143.1|FK657143
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|209711462|gb|BW665214.1|BW665214
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGA
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGA
EST: gi|6454757|gb|AW185440.1|AW185440
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
EST: gi|192317324|gb|FK010555.1|FK010555
EST:     AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAG                         GTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC
genomic: AGTGGGAATGAGCTGAAGTTGGCTCTTCGAGCTGGCTTTGATCCCACAAGgtttaataat ... ggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtgttgttaaggattttttgtgattcttaatgtaattttgggttggatgaatagGTGTATCTTTAATGGGAATGGGAAAATCTTGGAGGATTTGGTCTTGGCTGCTCAGGAAGGTGTGTTTGTCAACATTGATAGTGAGTTTGACTTGGAAAAC
                         tcttaat  putative branch site (score: 3)
             attttttgtgattctt  TA-rich tract