Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G17920.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008623_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
-------------TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtag-tcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacag-atctataatggtgctgcag---
              || ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |  |   ||||  || |     |   |  | || |    | ||| || |   |  | |   ||||   | ||    |  || || |    
TTTAATGGACTAGGGTCTATGGAGAACCCATTCCTGTTAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatattcaacagtgtcca-taataactggaggcatgacttgtattcatcaagcattatcctggctactgtagtcaaccctaactcggtttctgttgtaccag

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G008623_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgt-agtcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacag-atctataatggtgctgcag---
 || ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |  |   ||||  || |     | | |  | || |    | ||| || |   |  | |   ||||   | ||    |  || || |    
GGTCTATGGAGAACCCATTCCTGTTAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatattcaacagtgtcca-taataactggaggcatgacttgtattcatcaagcattatcctggctactgtagtcaaccctaactcggtttctgttgtaccag

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130398_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatgg-tgctgcag-----
 || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |    |   |||  |  |   |   | |||| ||  |    |     || ||    | |      |   |||   ||| | ||   |     
GGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatatttaacagtagtggtccatgattactggaggcatgatttgtatcgaccaaacactattttggccactgtagtaaaccctaacttggcttctcttgatcag

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G130398_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
------TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatgg-tgctgcag-----
       || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| |  | || |    |   |||  |  |   |   | |||| ||  |    |     || ||    | |      |   |||   ||| | ||   |     
GACCAGGGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCTGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatatttaacagtagtggtccatgattactggaggcatgatttgtatcgaccaaacactattttggccactgtagtaaaccctaacttggcttctcttgatcag

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaac--caattcctgctaatgtctt--gtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataa-tggtgctgcag
 || ||||| ||||| ||| |||| |||||| | || || |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||||||||| |||| | ||    | |  |   |||   ||   |  |     |||||  | ||  | |||| |    |   |  | |||   | ||   |   || |||  |||
GGTCTATGGAGAACCCATTTCTGTGAAGGAATTGGCAGATCGTGTGGCAAGTTATGTTCATCTTTGCACGCTGTACTGGTGGCTCAGgtaatatttcaagagtagtggcccataactactggagcatgactttcattcatcaaactttatttttggttactgc-tcaactctaaattggtttctgttgcatcag

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT2G27020.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcag
||| ||||||||  |  | ||||| ||||||||| |||| ||||| || |||||||| || || ||||| || |||||||||||||||||   |||   ||||||| |    | |||||   | |||||||  |    | || |  |     | |   |  ||| || |    | | ||  ||  |   
TGTTTATGGCGATGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCTGAGCGTGTTGCAAGTTATGTACATCTGTGTACCCTGTATTGGTGGCTCAGgtt---tgt---ccaattcat--ctacgtctt---tggtagtcacctacgcatttctcctacttgaatgaattataagaaaatggtttttattttgtag---

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgtt--atatgtgaaccaattc-ctgctaatgtcttgtcttgtagtcattt-----------taaagt-----tgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcag
||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||   ||  |    ||   | |||||  |   || | |  |  |  |||           |  |||     ||  || || | |||| | || |  |   ||   || || || |||||
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatga-gaataattactgatgatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31472889|gb|CD414917.1|CD414917
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|298166742|gb|HO010181.1|HO010181
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151409523|gb|EV279331.1|EV279331
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151406675|gb|EV276490.1|EV276490
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151405011|gb|EV274825.1|EV274825
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGACGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192334683|gb|FK025888.1|FK025888
EST:     TCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACCAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: TCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151411404|gb|EV281215.1|EV281215
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192334682|gb|FK025887.1|FK025887
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACCAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151409103|gb|EV278911.1|EV278911
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACG
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192324735|gb|FK018771.1|FK018771
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192325082|gb|FK017498.1|FK017498
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ATCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192325978|gb|FK016655.1|FK016655
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|298176424|gb|HO026659.1|HO026659
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16344394|gb|BI969989.1|BI969989
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|7685409|gb|AW756057.1|AW756057
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16344458|gb|BI970053.1|BI970053
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|254321256|gb|GR827705.1|GR827705
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16347339|gb|BI972934.1|BI972934
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|20498037|gb|BQ272967.1|BQ272967
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTA
EST: gi|254321257|gb|GR827706.1|GR827706
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|26047788|gb|CA784463.1|CA784463
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|6726863|gb|AW311282.1|AW311282
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTATGGATGTGGTGTCATACTANGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG