Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttatatgtgaaccaattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G17920.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gttatatgtgaa--ccaattcctgctaatgtcttg--tcttgtagtcattt-taaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataa-tggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTAT
|| |||| | ||    | |  |   |||   || |    |     |||||  | ||  | |||| |    |   |  | |||   | ||   |   || |||  |||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| | || || || || ||||| |||
gtaatatttcaagagtagtggcccataactactggagcatgactttcattcatcaaactttatttttggttactgc-tcaactctaaattggtttctgttgcatcagACCTTTTGGTTGTGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCGTAT

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G028346_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gttatatgtgaac---------caattcctgctaatgtcttgtcttgtagtcatt-----ttaaagttgtattg----tcatatttcgtattaacaacagatcta--taatggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTAT
|| |||| | |||         | ||  || ||   | | || ||| || ||||      |||   || | ||     |||   |      |||   |  ||||   |  || |    |||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| | || || || || ||||| |||
gtaatatttcaacagtactggtccataactactggaggcgtgacttctattcatcaggcattatttttttgttactgctcaagctcaaccctaagtcctaatctggtttctgttatatcagACCTTTTGGTTGCGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCCTAT

upper sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
----------------gttata-tgtgaaccaattcct--gctaatgtcttgtcttgtagtcattttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTAT
                 | | | ||     || ||  |    || | | |   ||| ||       |  |  ||  || || | |||| | || |  | | ||   || || || |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||
gttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatgaga-ataattactgatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31472889|gb|CD414917.1|CD414917
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|298166742|gb|HO010181.1|HO010181
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151409523|gb|EV279331.1|EV279331
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151406675|gb|EV276490.1|EV276490
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151405011|gb|EV274825.1|EV274825
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGACGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192334683|gb|FK025888.1|FK025888
EST:     TCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACCAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: TCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151411404|gb|EV281215.1|EV281215
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192334682|gb|FK025887.1|FK025887
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACCAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|151409103|gb|EV278911.1|EV278911
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACG
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192324735|gb|FK018771.1|FK018771
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192325082|gb|FK017498.1|FK017498
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ATCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|192325978|gb|FK016655.1|FK016655
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|298176424|gb|HO026659.1|HO026659
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16344394|gb|BI969989.1|BI969989
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|7685409|gb|AW756057.1|AW756057
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16344458|gb|BI970053.1|BI970053
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|254321256|gb|GR827705.1|GR827705
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|16347339|gb|BI972934.1|BI972934
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|20498037|gb|BQ272967.1|BQ272967
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTA
EST: gi|254321257|gb|GR827706.1|GR827706
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|26047788|gb|CA784463.1|CA784463
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
EST: gi|6726863|gb|AW311282.1|AW311282
EST:     GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAG                         ACCTTATGGATGTGGTGTCATACTANGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA
genomic: GACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgttatatgtg ... ggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaagttgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcagACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTAT
                        tattaac  putative branch site (score: 1)
                atatttcgtattaa  TA-rich tract