Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtccaaaaaaatttttgctcaagtgtttgacttcttatcttttagtgcttttaccaatggggactttgtaatggcagGCCGAGTCTATATCCTGGATATGTACAATCCTGGAATATATCCTTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34770.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G34770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g00910.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatgtccaaaaaaatttttgctcaagtgtttgacttctta-tcttttagtgcttttaccaatggggactttgtaatggcagGCCGAGTCTATATCCTGGATATGTACAATCCTGGAATATATCCTTTG
          |  | || ||           ||   | ||  | ||||||   ||| ||  ||      | |||  |  |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |  
--------gtatgatttcttatctctcctcatggtgtgttgcttttttagaaatttcacttatat--tttctgtgctaacagGACGAGTTTATATTCTGGATATGTACAACCCTGGGATATATCCATCT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtttgacttcttatcttttagtgcttttaccaatggggactttgtaatggcagGCCGAGTCTATATCCTGGATATGTACAATCCTGGAATATATCCTTTG
  gtttgac  putative branch site (score: 4)
            ttatctttta  TA-rich tract