Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctgaaataaaacttttaatatatcaaaacaacgaaaaaatttatcagcccaaatgttatttaaggcatataaatataaatatgcatgccattgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATTCTATCATCTCAAGCCAGATGATGCTCGC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19950.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G19950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0034g02170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
ctgaaataaaacttttaatatatcaaaacaacgaaaaaatttatcagcccaaatgttatttaa--ggcatataaatataaatatgcatgccatt------gccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATTCTATCATCTCAAGCCAGATGATGCTCGC
  | ||||      ||   ||  || |  ||  |  |   | |  |  | |||  |  |   |  ||   |   || |  || | | | | ||       |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  || |   ||||||||||||| |||| | |||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||| || 
--gtaatatggtgattgtaattacagatgaattattatgctga--attctaaacttagtaggattggatcactgattttgatgttctttcaatatttcgagccaaaagCTTGCAAGGTGAGCTTTGGGGCTGGACATTTTTTTTCATTGGTGTGGCTGCTGTTGGAATTGGATCTTCTTACTATCATCTCAAACCAAATGATGCACGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7146916|gb|AW508838.1|AW508838
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... ttgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
EST: gi|192301871|gb|FG995489.1|FG995489
EST:     GGCCTCGTTGGACCTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... ttgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
EST: gi|151400699|gb|EV270513.1|EV270513
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... ttgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
EST: gi|298180139|gb|HO025354.1|HO025354
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... ttgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
EST: gi|298179594|gb|HO024809.1|HO024809
EST:     GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG                         CTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC
genomic: GGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAGgtactgtact ... ttgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agcccaaatgttatttaaggcatataaatataaatatgcatgccattgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATTCTATCATCTCAAGCCAGATGATGCTCGC
     aaatgttatttaaggc  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctgaaataaaacttttaatatatcaaaacaacgaaaaaatttatcagcccaaatgttatttaaggcatataaatataaatatgcatgccattgccaaaagCTTGCAAGGTGAACTATGGGGATGGACATGCTTCTATGTTGGTGTGGCTGCAGTTGCAGTTGGATCTTCATTCTATCATCTCAAGCCAGATGATGCTCGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- -aaataaa
- - - - - - - - - - - - aaaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgcca