Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTAGCACTTCTTTGCTTCCTAGTTCTCATGATCGTCACCCCATCCATCCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaattattactttcttttatgtttcctatttttatttaacctttctttcacttcttttcatttcggttacctaaataaatatttttaactccactctactgtatacgattttagaggatggagatttatttattctttctaaaatgttcgctgttaatttccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19950.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7146916|gb|AW508838.1|AW508838
EST:     CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGGCGACCACCGCACCTTCCTCG                         GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: gi|192301871|gb|FG995489.1|FG995489
EST:     CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG                         GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: gi|151400699|gb|EV270513.1|EV270513
EST:     CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG                         GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTTCCCTTTTCTGGTTATT
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAA-TTTCCCTTTTCTGGTTATT
EST: gi|298180139|gb|HO025354.1|HO025354
EST:     CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG                         GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: gi|298179594|gb|HO024809.1|HO024809
EST:     CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG                         GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG