1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttattaattattactttcttttatgtttcctatttttatttaacctttctttcacttcttttcatttcggttacctaaataaatatttttaactccactctactgtatacgattttagaggatggagatttatttattctttctaaaatgttcgctgttaatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19950.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGGCGACCACCGCACCTTCCTCG GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGEST: gi|192301871|gb|FG995489.1|FG995489
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGEST: gi|151400699|gb|EV270513.1|EV270513
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTTCCCTTTTCTGGTTATTEST: gi|298180139|gb|HO025354.1|HO025354
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAA-TTTCCCTTTTCTGGTTATT
EST: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGEST: gi|298179594|gb|HO024809.1|HO024809
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
EST: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCG GTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
genomic: CCCCCAGTCCCAAGAATACCATGATTTCGCCGACCACCGCACCTTCCTCGgttattaatt ... taatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTG
tttagaggatggagatttatttattctttctaaaatgttcgctgttaatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG
tttcc CT-rich tract
agatttatttattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttattaattattactttcttttatgtttcctatttttatttaacctttctttcacttcttttcatttcggttacctaaataaatatttttaactccactctactgtatacgattttagaggatggagatttatttattctttctaaaatgttcgctgttaatttccagGTATTCCTAATGCACTTAACGTCATATCCAATTTCCCTTTTCTGGTTATTGGCCTCGTTGGACTTGTGCTCTGTTATCATGGAAATTACTTTAGGCTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA